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[GROMACS] 求助关于利用gromacs添加新残基及oplsAA 的力场参数

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楼主
各位前辈:

      我要模拟一个聚合物链,聚合物的全部力场参数都有,想用gromacs来模拟,但目前主要存在两个问题不知如何处理:
      1.gromacs的残基库中没有我的聚合物单体残基,我查到的是在力场的rtp文件中添加残基信息(比如头基,中间基,尾基);除了这个之外,还需要修改别的吗?
       2.该聚合物的力场参数都需要添加进力场,查到是添加在在ffbond.itp,ffnonbond.itp文件中,gromacs文件类型感觉有点多,看手册有点发蒙,
不知道这么做对不对,还请各位前辈给些建议,谢谢! 我用的是gromacs 2020年最新版本,小白一枚,目前都靠自己在摸索.

    再次谢谢大家!

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发表于 Post on 2020-6-18 12:40:57 | 只看该作者 Only view this author
如果不牵扯到新的原子类型,改rtp就够了
成键参数可以直接在rtp里体现,如果rtp里不体现,就需要在ffbonded.itp里加入
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-18 13:32:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-18 12:40
如果不牵扯到新的原子类型,改rtp就够了
成键参数可以直接在rtp里体现,如果rtp里不体现,就需要在ffbonde ...

sob老师:
      
      我用的是OPLSAA力场,gromacs包含了Jorgensen开发的力场参数,但是我这个参数的原子类型有一部分是来自于别人开发的OPLSAA力场,所以应该是有新的原子类型,或者说我想把文献的中力场参数的原子类型部分重新添加到gromacs力场文件中可以吗??请问这种情况该怎么做呢?或者是我自己在工作目录下编写一个类似与OPLSAA的力场专门模拟我的聚合物,可以吗?
      谢谢老师

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发表于 Post on 2020-6-21 03:08:17 | 只看该作者 Only view this author
北京的大猫 发表于 2020-6-18 13:32
sob老师:
      
      我用的是OPLSAA力场,gromacs包含了Jorgensen开发的力场参数,但是我这个参数的原 ...

备份一下原目录,然后自行加到ffnonbonded.itp里即可
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-24 08:41:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-21 03:08
备份一下原目录,然后自行加到ffnonbonded.itp里即可

谢谢sob老师!

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