关于构象搜索后的几个小问题

leo1992

请教卢老师，最近在计算过程中遇到几个问题想请教一下。
1.我对一个分子利用molclus结合MOPAC进行构象搜索后，取能量较低的前10个结构，在B3LYP/6-311G**下进行优化，然后M06-2X/ma-TZVPP下计算单点能。那么对应这10个结构的输出文件，我该如何利用isostat软件进行去重。因为输出的文件中只有每个结构独立的chk文件和log文件。
2.对问题1中的10个结构利用shermo分别计算出不同构象的热力学数据，Boltzmann分布比例，溶剂下的自由能。如果我想计算生成该分子的一个反应（如A+B=C，C是我优化的那10个构象）在水溶液中的反应自由能变。我是应该利用不同构象的溶剂下的自由能乘以对应的Boltzmann分布比例，再把乘出来的数据都加起来？还是取溶剂下的自由能最小的那一个对应的结构进行计算反应自由能变。如果上述两种计算方法都不对的话应该如何计算？谢谢老师。

sobereva

1 你让molclus调用Gaussian去做这些任务就完了。手动弄的话你自己还得把输出文件转成xyz再合并成isostat
Gaussian输出文件转xyz在此文基础上举一反三。批量转成xyz后用cat命令合并成一个xyz文件
一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本
http://sobereva.com/530（http://bbs.keinsci.com/thread-16161-1-1.html）

2 Shermo直接就给你了构象权重平均的热力学数据。把A、B、C的这个数据都得到，然后G(C) - G(A) - G(B)即可。

leo1992

sobereva 发表于 2020-6-29 20:50
1 你让molclus调用Gaussian去做这些任务就完了。手动弄的话你自己还得把输出文件转成xyz再合并成isostat
G ...

问题2中这个构象权重的热力学数据，应该是真空下的电子能加上热力学校正量。拿到的应该是真空下的吉布斯自由能。我参看了《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》一文中，如果计算溶剂中的吉布斯自由能。还需要计算如下部分：
“(3)关键词是M052X/6-31G* geom=allcheck，即基于(1)的结构用M05-2X/6-31G*在真空下计算电子能量
(4)关键词是M052X/6-31G* scrf(SMD,solvent=ethanol) geom=allcheck，即基于(1)的结构用M05-2X/6-31G*在SMD溶剂模型表现乙醇环境的情况下计算电子能量”
那么对于每种构象，（4）-（3）部分的电子能是否也需要加权进行计算？加上1.89 kcal/mol后，再累加到Shermo给出的构象权重平均的吉布斯自由能。
还是说可以忽略掉（4）-（3）+1.89 kcal/mol这部分。直接做一个SCRF=SMD下的高精度电子能，得到的数据加上热力学校正量得到吉布斯自由能。去得到构象权重吉布斯自由能。去做G(C) - G(A) - G(B)。
哪种方式更好呢？

sobereva

leo1992 发表于 2020-6-29 22:16
问题2中这个构象权重的热力学数据，应该是真空下的电子能加上热力学校正量。拿到的应该是真空下的吉布斯 ...

不那么较真的情况下，对每个物质直接按照http://sobereva.com/552中的“4.2.3 计算构象分布比例和构象权重的热力学数据 ”中的做法得到1M溶液环境下的自由能就完了，又省事又避免弄错。
虽然原理上溶解自由能部分单独在M05-2X/6-31G*下计算更好，但一般也不是非得那么讲究。