用sybyl做MD的一些问题？？？

tanghj007 · 发表于 Post on 2015-10-14 08:33:02

本人刚接触sybyl软件做分子动力学模拟，但在运行过程中遇到了一些问题，想请教一下：
1. MD模拟设置为5 ns，在一般普通台式电脑上是不是需要运行很久？差不多1 h才跑出10000 fs，12 h才跑出10万 fs，那要跑完5 ns岂不是要20天左右，请问这样正常吗？？其他软件像namd，amber等一般运行5 ns需要多久呢？
2. 就sybyl软件做MD, 请问运行完后如何计算动力学模拟过程中各时间点复合物构象的RMSD值，也就是如何作出RMSD随时间的动力学曲线图？

非常期待与感谢亲们的回复，谢谢!

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-14 12:05:40

需要多长时间取决于体系多大和配置，没有这个前提不好说。
最快的是gromacs，肯定远快于sybyl。几万个原子体系普通四核PC一天也能跑完5ns，用GPU加速还能再快好几倍。
sybyl跑动力学也就是图省事方便可以用，专门跑耗时长的生物分子MD不建议用它。

tanghj007 · 发表于 Post on 2015-10-14 13:35:06

好的之前就听同学说sob老师很热情现在也算是体验了一把哈哈非常谢谢您
还有一个问题想请教您：
就sybyl软件做MD, 请问运行完后如何计算动力学模拟过程中各时间点复合物构象的RMSD值，也就是如何作出RMSD随时间的动力学曲线图呢？

谢谢您！

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-14 15:21:06

sybyl跑动力学我没用过，如果程序里没有提供分析功能，那你只能想办法把产生的轨迹数据导出来，自己写脚本或者用VMD等程序分析。
比如MS的轨迹用这种方法导出成xyz轨迹后，就能用VMD自带的插件来算RMSD曲线
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143

tanghj007 · 发表于 Post on 2015-10-14 15:56:15

好的受益了非常感谢

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