计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13785|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[其它量化程序] MS做过渡态搜索获得的能垒较低原因

[复制链接 Copy URL]

14

帖子

0

威望

51

eV
积分
65

Level 2 能力者

我在做过渡态搜索是基本基本过程已经完成可是得到的能量势垒就在100kj/mol左右,看到以前的文献都是2、300.请问一下这是什么原因造成的,还是结果还是合理的?求指导,急急急

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2018-1-3 08:46:04 | 只看该作者 Only view this author
你先得说明是什么体系、什么反应、用的MS哪个模块算的等等。没细节没法回答
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

14

帖子

0

威望

51

eV
积分
65

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-3 09:01:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-3 08:46
你先得说明是什么体系、什么反应、用的MS哪个模块算的等等。没细节没法回答

老师,我用的是MS软件中的Dmol3模块做的是芳香烃的脱甲基反应,通过GGA/BP密度泛函做的过渡态搜索,是对我研究的一个课题,可是算的能量和生物质相关文章的差距比较大,我在考虑是否是断裂之后两个断裂结构的距离的问题,或者是密度泛函选择的问题或是其他

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2018-1-3 09:45:17 | 只看该作者 Only view this author
或许当前反应机理、体系特征本身和文献里的差异较大
有机反应,强烈不建议用BP86,用M06-2X是首选(不过Dmol3不支持,也强烈不建议用Dmol3)。纯泛函有低估势垒的倾向。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

14

帖子

0

威望

51

eV
积分
65

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-3 09:52:58 | 只看该作者 Only view this author
老师您的意思是用Dmol3会使模拟得到的结果偏低吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2018-1-3 12:26:26 | 只看该作者 Only view this author
wangxinmin 发表于 2018-1-3 09:52
老师您的意思是用Dmol3会使模拟得到的结果偏低吗?

理论方法和程序是两回事
Dmol3照样可以用杂化泛函B3LYP
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

77

帖子

0

威望

2702

eV
积分
2780

Level 5 (御坂)

7#
发表于 Post on 2018-1-3 14:46:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-3 12:26
理论方法和程序是两回事
Dmol3照样可以用杂化泛函B3LYP

sob,他应该做的是表面的反应吧。支撑周期体系的M06-2X有吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2018-1-3 15:11:13 | 只看该作者 Only view this author
wgbigfatcat 发表于 2018-1-3 14:46
sob,他应该做的是表面的反应吧。支撑周期体系的M06-2X有吗?


具体给个结构图一看就清楚了,没图说不清楚
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

21

帖子

0

威望

254

eV
积分
275

Level 3 能力者

9#
发表于 Post on 2018-1-3 20:38:26 | 只看该作者 Only view this author
楼主问的问题有无限可能;还处在不会问问题的阶段。

14

帖子

0

威望

51

eV
积分
65

Level 2 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-4 18:38:18 | 只看该作者 Only view this author
tcclab 发表于 2018-1-3 20:38
楼主问的问题有无限可能;还处在不会问问题的阶段。


我是在用MS中Dmol 3做过渡态搜索下边是得到的是反应能垒,以及附件里的图片是反应物中间体过渡态的变化,麻烦老师再帮忙看看


9-11.rar

26.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

3

帖子

0

威望

7

eV
积分
10

Level 1 能力者

11#
发表于 Post on 2020-7-13 23:11:58 | 只看该作者 Only view this author
单位问题,你的结果换算成kJ/mol 反而偏高

1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

12#
发表于 Post on 2020-7-14 00:17:58 | 只看该作者 Only view this author
100多kcal的势垒怕是几百度都反应不了哦

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 06:26 , Processed in 0.200095 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list