利用AMBER转化的arc文件，看不到newcartoon效果

978142355 · 发表于 Post on 2015-10-4 10:37:36

我利用amber力场跑出的动力学，将跑出的文件转化为arc文件，可是用VMD打开后，没有newcartoon效果，不知道原因是什么，所以请教给位老师，出错在什么地方，而且解决方法是什么。PS：pdb数据库加载，newcartoon效果可以，可是即使我将pdb转成xyz，加完水盒子，再转成pdb还是不好使。

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-4 12:04:40

为什么转arc文件？
载入prmtop，然后载入mdcrd或者binpos轨迹就行了。

xyz是不会有newcartoon效果的，因为这种格式没记录残基信息，程序没法判断二级结构。

978142355 · 发表于 Post on 2015-10-4 12:31:44

本帖最后由 978142355 于 2015-10-4 12:33 编辑

sobereva 发表于 2015-10-4 12:04
为什么转arc文件？
载入prmtop，然后载入mdcrd或者binpos轨迹就行了。

arc是为了看轨迹动态图。这样啊。。。。。。。。那说明我xyz再转回pdb也无残基信息了。。。。。。顺便问一下，prmtop，mdcrd或者binpos文件是怎么得到的？

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-4 15:10:59

你是拿什么程序跑的？
我以为你使用amber程序+amber力场跑的，amber跑动力学必须有prmtop拓扑文件，产生的轨迹一种是ASCII的.mdcrd文件，一种是二进制格式的轨迹文件binpos。

978142355 · 发表于 Post on 2015-10-4 17:37:18

sobereva 发表于 2015-10-4 15:10
你是拿什么程序跑的？
我以为你使用amber程序+amber力场跑的，amber跑动力学必须有prmtop拓扑文件，产生的 ...

我是用tinker程序包里面的amber力场跑的动力学，这个能产生吗？tinker程序里有哪个程序文件可以产生prmtop和.mdcrd吗？

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-5 03:26:18

978142355 发表于 2015-10-4 17:37
我是用tinker程序包里面的amber力场跑的动力学，这个能产生吗？tinker程序里有哪个程序文件可以产生prmto ...

tinker我自己不用，不熟悉。
如果arc文件里本身没有记录残基信息，那么VMD从原理上就肯定看不到二级结构效果。

amber力场跑蛋白质首推gromacs和amber程序，不建议用tinker。

978142355 · 发表于 Post on 2015-10-5 08:15:02

sobereva 发表于 2015-10-5 03:26
tinker我自己不用，不熟悉。
如果arc文件里本身没有记录残基信息，那么VMD从原理上就肯定看不到二级结构 ...

明白了，看来我得去弄amber或者学习gromacs，不能用tinker了。谢谢sob老师。

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