求助：关于在Gromacs中使用scaled charge

北京的大猫 · 发表于 Post on 2020-7-16 09:44:04

大家好！

想问一下如果在gromacs中使用OPLSAA力场时，想对电荷进行0.8倍的缩放，是不是将每个原子的电荷*0.8后放入相关文件（比如rtp或者itp文件）就可以了？

谢谢各位老师！

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-16 09:45:00

北京的大猫 · 发表于 Post on 2020-7-16 10:47:36

sobereva 发表于 2020-7-16 09:45
是

谢谢sob老师！

bobosiji · 发表于 Post on 2020-7-17 20:37:08

为啥要缩放呢

北京的大猫 · 发表于 Post on 2020-7-18 11:59:37

本帖最后由北京的大猫于 2020-7-18 12:02 编辑

bobosiji 发表于 2020-7-17 20:37
为啥要缩放呢

应该是能更好地复现实验性质吧,用缩放原子电荷的方法来解释极化效应，以模拟极化和电荷转移引起的平均电荷屏蔽.

bobosiji · 发表于 Post on 2020-7-18 22:25:39

北京的大猫发表于 2020-7-18 11:59
应该是能更好地复现实验性质吧,用缩放原子电荷的方法来解释极化效应，以模拟极化和电荷转移引起的平均电 ...

如果遇到较真的审稿人问：这么做（缩放电荷）的理论依据？缩放电荷模拟某些物理量的结果能改善，其他的物理量呢？最关键的是：分子力场参数，比如键角、二面角参数和电荷都是耦合的，如果缩放电荷，其他力场参数也应该要相应调整吧？
如何回答呢？多谢提点~

北京的大猫 · 发表于 Post on 2020-7-19 16:19:36

bobosiji 发表于 2020-7-18 22:25
如果遇到较真的审稿人问：这么做（缩放电荷）的理论依据？缩放电荷模拟某些物理量的结果能改善，其他的物 ...

我觉得您说得有道理,使用原始的OPLSAA力场中电荷应该保持原值吧,但是我的用的文献中开发力场时电荷是缩放的,它的开发只是opls力场形式的.不知我说的对不对.另外键角的参数和电荷不是耦合的吧?它是通过拟合振动频率得到的.不知我说得对不?新手一枚

bobosiji · 发表于 Post on 2020-7-19 17:04:24

北京的大猫发表于 2020-7-19 16:19
我觉得您说得有道理,使用原始的OPLSAA力场中电荷应该保持原值吧,但是我的用的文献中开发力场时电荷是缩放 ...

二面角参数肯定和电荷耦合，除非不考虑1-4作用

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-20 02:20:35

bobosiji 发表于 2020-7-18 22:25
如果遇到较真的审稿人问：这么做（缩放电荷）的理论依据？缩放电荷模拟某些物理量的结果能改善，其他的物 ...

这种做法都是之前有人测试证明合理的
可以看看比如0.8 scaled OPLS-2009IL离子液体力场这篇（J. Chem. Theory Comput. 2017, 13, 6131）

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：关于在Gromacs中使用scaled charge