求助：Amber构建非标准残基时如何去除残基多余原子

crush

请问各位老师有没有看过Amber官网的构建非标准残基教程，其中第三小结Section 3在构建非标准残基库时，需要将这个非标准残基的多余原子剔除，因为这些原子在氨基酸脱水缩合后在蛋白中就消失了。
这些原子对应于 N边的H2 以及 C边的 OXT HXT 这三个原子（图1）。 但是Amber官网在剔除多余原子时，把N上的两个氢原子都删掉了（图2的H2和 HN11），请问各位老师，这是为什么？  我当时学习的时候认为N上的氢原子删掉一个就好了（脱水缩合时氨基提供一个氢原子，羧基提供一个羟基）。
因为后续还要将剔除原子的电荷重新分配到剩余原子上，以确保总电荷正确。所以想请问一下各位老师，这里到底是剔除几个氢原子？

（在这个教程中，amber官网是将这个非标准残基直接扣了出来，补全了氢原子。并没有取前后相邻的残基或者是前后封端）

18217265596

教程懒得看了 如果你实际体系里N上就是有一个氢的 你就应该保留这个氢 没问题，。

crush

18217265596 发表于 2025-12-2 14:22
教程懒得看了 如果你实际体系里N上就是有一个氢的 你就应该保留这个氢 没问题，。

好的，谢谢您的回答。肽键上的N原子一般都是有一个氢原子的，那这个H原子确实应该保留

beyond

Amber的力场文件里面都定义好了H原子的
这里说的剔除H原子，应该是在PDB文件中删除H原子吧，剔除是避免H原子的 atom name
在pdb与参数文件中不同，而导致冲突生成不了topology文件

在pdb文件在删除了H，在生成topology文件的时候，leap会自动补上的

crush

beyond 发表于 2025-12-2 18:24
Amber的力场文件里面都定义好了H原子的
这里说的剔除H原子，应该是在PDB文件中删除H原子吧，剔除是避免H原 ...

您好，这不是单纯的删除PDB文件中的氢原子，我觉得他是在定义非标准氨基酸的模板。而且，我在后面按照官网的文件操作完，tleap并不会自动补全那个被删掉的H原子