构建聚合物初始结构时的疑问

jimulation · 发表于 Post on 2021-4-5 11:16:16

聚合物一般分子量较大，在模拟中，即使采用较小的链段长度，由于单键的自由旋转，相同聚合度下构建出的初始构型可能相差很大，可能是直链形、缠结形...

请教大家，对于分子模拟，有无构建聚合物的通用方法？对于同样的模型，采用不同形状的初始构型进行模拟，对结果的影响大吗？

tjuptz · 发表于 Post on 2021-4-5 20:07:33

初始构型的影响可以通过不同的平行模拟，来验证；聚合物的通用方法可以参考polymatic这种预定义的反应方法，或者反应力场方法

jimulation · 发表于 Post on 2021-4-12 22:42:06

tjuptz 发表于 2021-4-5 20:07
初始构型的影响可以通过不同的平行模拟，来验证；聚合物的通用方法可以参考polymatic这种预定义的反应方法 ...

谢谢

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[GROMACS] 构建聚合物初始结构时的疑问