关于Martini3 力场中T和S珠子的使用问题

jrfjrf123

最近我在使用Martini3 力场对聚氨酯聚合物进行建模，阅读了Martini3 论文的SI文件，里面是这样说的：



也就是说当主链上的2个C映射到一个珠子的话，应该选T珠子，3个重原子（C、N、O）映射到一个珠子的话应该选S珠子。
大致划分是这样的：



构建了一个这样的体系（20链），使用GAFF作为全原子力场：



可这样的划分进行模拟后发现CG体系密度要比全原子体系高25%左右（atomic：1.06，CG：1.326），偏差过大，
且全原子的各个珠子（也就是按照上图mapping后的质心位置）的RDF比CG的偏右，


（特别是第二峰位置，虽然atomic的不明显，但应该大2埃左右；atomic小于3的区域有大于0的部分是因为柔性分子折叠导致的质心贴近）


接着我研究了一下一些文献中使用Martini2研究PU，把所有珠子的大小调高一级（sigma提高到0.41和0.47nm），但映射的珠子数不变，密度就有了个很好的贴合（1.06，1.05）。
想请问一下大家，使用新的Martini3 力场模拟聚合物分子时，是否主链分别基于2-1和3-1原则用T珠子和S珠子会使得sigma偏小，不能准确反映一些物理性质，或者说T与S珠子
应该划分给脂肪环和芳香环结构，其他结构按全原子的rdf进行选择？

那年冬天风在吹

这是哪篇文献

student0618

那年冬天风在吹 发表于 2025-12-27 19:01
这是哪篇文献

一楼的图是以下SI的第36页
https://static-content.springer. ... 1098_MOESM1_ESM.pdf

正文是Martini 3的原文 https://doi.org/https://doi.org/10.1038/s41592-021-01098-3