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使用MolAICal计算配体和受体结合能力的vinardo打分函数
更多教程(含英文教程)请见如下:
1. 简介
2. 工具和材料 2.1. 所需软件 2.2. 教程示例文件 所有需要的教程文件从以下下载
3. 步骤 在计算配体的vinardo打分之前,需要生成配体的网络文件 #>cd 008-vinardoScore 1) 创建一个名为“boxPar.dat”的文件,第一行是受体方盒子中心的坐标,第二行是受体方盒子的长度。如下所示: ---------------------------------------- -10.733 12.41668.829 30.0 30.0 30.0 ----------------------------------------
2) 执行如下命令生成蛋白质的网络文件 #>molaical.exe -tool grid -i boxPar.dat -p mproNolig.pdb -n vinardoScore 其中“mproNolig.pdb”是不含配体的Mpro蛋白。这个命令将会生成名为“vinardoScore.dat”的文件。
3) 计算单个配体的vinardo分数 #>molaical.exe -tool vinardo -i ligands/lig_1.mol2 -g vinardoScore.dat -t vinardoscore 这个命令将输出配体结合能力的打分值:-6.21 kcal/mol
如果要批量计算多个配体的vinardo打分值,可以执行以下步骤: #>cd 008-vinardoScore/ligands 1. 在Linux终端中输入命令“ls > ligandList.dat”,或在Windows DOS控制台中输入命令“dir /b > ligandList.dat”。打开生成的文件“ligandList.dat”并且删除无用的字符。例如,删除包含字符“ligandList.dat”的第一行内容。确保文件“ligandList.dat“只包含配体名称。
2. 执行如下命令: #>molaical.exe -score vinardo -i ligands/ligandList.dat -o output.dat -g vinardoScore.dat 将会生成名为“output.dat”的文件,其中包含批量配体的打分函数值。
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