求助gromacs进行氢键分析时，供体和受体数目选择？

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-8-13 23:02:28

在进性两个组分之间进行组分分析时，oh和nh作为供体我可以理解，但是将o和n受体这个我有些不太理解了，请问老师1、o和n作为受体是说含有这两个原子就行比如乙二酸，他提供了四个供体还是两个？

2、在进行氢键分析时，例如有20个乙二醇和4个水，gmx统计的供体数目有44个，受体数目有44个，这样算两者之间的数目的时候，不就重复了吗？
3、水为什么只看有一个供体？

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-8-13 23:27:15

我记得gromacs是按照蛋白质的命名方法来确定供体和受体的。
你去看看pdb关于氨基酸名字的定义，O和N应该是肽键上的O和N，O应该是受体，N是受体倒挺奇怪的。
自定义立场gromacs的氢键分析不一定对。

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-8-13 23:42:53

wuzhiyi 发表于 2020-8-13 23:27
我记得gromacs是按照蛋白质的命名方法来确定供体和受体的。
你去看看pdb关于氨基酸名字的定义，O和N应该是 ...

在手册中，它表述的是将o看做受体，n默认为受体，但是我不明白为何他们连接氢也可以看做受体？

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-14 09:05:24

如果你是指gmx hbond
1 乙二酸有4个氢键受体，因为有四个O
2、3 注意gmx hbond有个-merge选项，默认会把水的两个O-H氢键给体视为一个

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-8-14 11:36:37

sobereva 发表于 2020-8-14 09:05
如果你是指gmx hbond
1 乙二酸有4个氢键受体，因为有四个O
2、3 注意gmx hbond有个-merge选项，默认会把 ...

好的，谢谢老师。

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