计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8019|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[辅助/分析程序] Multiwfn计算的Coulomb相互作用和自己编程计算的不一样

[复制链接 Copy URL]

49

帖子

0

威望

1308

eV
积分
1357

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 破晓时的曙光 于 2020-8-16 14:20 编辑

我想计算两个分子间的库仑相互作用,自己编程计算了一下,但不确定对不对,发现Multiwfn手册4.A.9 计算excitonic coupling的公式与计算Coulomb相互作用的公式一致,只是所用电荷不同。因此,我用multiwfn也计算Coulomb相互作用,发现和自己编程计算结果不一样。仔细检查并未找到问题。
我的Multiwfn操作步骤如下:
1. 将包含分子坐标和电荷的test.chg文件拖入Multiwfn。
2. 输入 7 Population analysis and atomic charges
输入 -2 Calculate interaction energy between fragments based on atomic charges
输入1-6
输入7-18


最后Multiwfn计算得到的能量是  20.84 kJ/mol(0.216 eV) ,编程计算得到的是0.408 eV,这差的还是蛮多的。以下是我的test.chg文件和python代码。

test.chg

1.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 13

包含分子坐标和电荷的chg文件

calculate_coulomb.py

1.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 26

计算两个分子间的库仑相互作用的python代码

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124678

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2020-8-16 11:34:16 | 只看该作者 Only view this author
你没注意距离的单位转换,用Bohr算出来的才是Hartree
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

222

帖子

5

威望

2536

eV
积分
2858

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2020-8-16 11:39:11 | 只看该作者 Only view this author
你的单位换算错了,实际算出来的E的单位是静电势能(e2/Å),换成kj/mol需要乘以1389.35457644677,换成eV需要乘以14.3996454784562

49

帖子

0

威望

1308

eV
积分
1357

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-16 14:20:34 | 只看该作者 Only view this author
的确是单位错了,谢谢各位老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-24 14:04 , Processed in 0.169100 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list