读了Sober老师的Molclus使用教程后的新想法

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-6 18:37:40

本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-6 18:45 编辑

Lu老师和各位小伙伴：
   您们好！
   事情来龙去脉是这样：我想找A和B的最优吸附构型，于是接下来，
   1）用Genmer产生了150个A和B的吸附构型，即得到了AB组合的traj.xyz文件；2）接着，我去看了Sober老师的帖子《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》中的2.2使用流程，说是在跑Molclus.exe前需要准备好三个文件：AB组合的traj.xyz(已得到)，template.gjf, 和settings.ini；3）由于我是超算用户，按照Sober老师的帖子《将多帧xyz文件转化成量子化学输入文件的工具：xyz2QC》中的意思是：先用Molclus.exe调用自己电脑上的Gaussian16中的低精度PM7来做Opt+Freq，得到isomers.xyz文件后再用isostat.exe来对isomers.xyz中的能量进行排序进而产生cluster.xyz文件；接着把cluster.xyz文件改成traj.xyz文件，settings.ini中的itask值从3改为1，template.gjf文件中的关键词从Opt+Freq改成Energy，然后再用自己电脑上的Molclus.exe调用自己电脑上的Gaussian16中的低精度PM7来做Energy，得到isomers.xyz文件后再用isostat.exe来对isomers.xyz中的能量进行排序进而产生cluster.xyz文件。最后，将得到的cluster.xyz文件和template.gjf文件放在xyz2QC.exe目录下，跑xyzZQC.exe后得到支持超算上运行的Gaussian.gjf文件。
   以上三条是Sober老师用Molclus进行构象搜索的大致流程。在读完之后我脑子里突然奇想，在步骤1）中Gnemer不是产生了150个A和B的吸附构型了吗？也就是得到了AB组合的traj.xyz文件。这个xyz文件本质上就是各种构型的坐标文件，所以我觉得traj.xyz文件和cluster.xyz文件本质上是一样的，我就在想既然xyz2QC.exe可以把cluster.xyz和template.gjf文件转化为Gaussian.gjf文件，那么我为啥不把步骤1）中得到的traj.xyz文件改个名变成cluster.xyz文件，然后把这个cluster.xyz文件和template.gjf文件放在xyz2QC.exe目录下，然后跑xyz2QC.exe便可得到150个AB组合的吸附构型的Gaussian.gjf文件，有了这个gjf文件我就可以在超算上先做Opt+Freq再做Energy接着就知道哪个构型的能量最低了呀？反正超算算一个单点能也就耗时3分钟的样子。
   您们觉得我的这个想法可行性可以吗？

chands · 发表于 Post on 2022-6-6 20:28:06

本帖最后由 chands 于 2022-6-6 20:32 编辑

(1) 对，traj.xyz和cluster.xyz本质上都是坐标文件，都可以用xyz2QC.exe转换为gjf、inp等输入文件
(2) Molclus的思想之一是先用低级别优化，再用更高级别进一步优化。你完全可以用xyz2QC.exe，将Genmer产生的构型转化为用PM7优化的gjf文件，在超算上计算。
(3) opt freq本身就要算单点能，如果计算级别不变，则不需要另外算单点能。
另外说点语言学："您"没有复数，不能说“您们”，只能说”您几位“，”诸位“等等，因为”您“字本身就是”你们“的合音。

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-6 20:44:44

chands 发表于 2022-6-6 20:28
(1) 对，traj.xyz和cluster.xyz本质上都是坐标文件，都可以用xyz2QC.exe转换为gjf、inp等输入文件
(2) Mol ...

哦哦记住啦老师。关于第（3）点，我听带我的一个搞计算的师妹讲Opt+Freq算出来的是校正能不是单点能啊？她还告诉我："Opt+Freq算出来的校正能加上Energy算出来的单点能就是某构象最后的吉布斯自由能。".想再听听您的点评可以吗？

chands · 发表于 Post on 2022-6-6 20:48:32

ReviewReview 发表于 2022-6-6 20:44
哦哦记住啦老师。关于第（3）点，我听带我的一个搞计算的师妹讲Opt+Freq算出来的是校正能不是单点能啊？ ...

她的意思是在较低级别上做优化和振动分析（opt freq)，得到热力学校正量，然后在高级别上算单点能。

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-6 20:55:11

chands 发表于 2022-6-6 20:48
她的意思是在较低级别上做优化和振动分析（opt freq)，得到热力学校正量，然后在高级别上算单点能。

是的老师，她让我优化用：#p opt freq b3lyp/6-31g(d)，单点用：#p M062X/6-311+g(d,p) scrf=smd EmpiricalDispersion=GD3。不过最后她还是说了一句"优化得到的校正能加上单点算出来的单点能才是最后的能量。".是这样吗老师？

chands · 发表于 Post on 2022-6-6 21:01:22

ReviewReview 发表于 2022-6-6 20:55
是的老师，她让我优化用：#p opt freq b3lyp/6-31g(d)，单点用：#p M062X/6-311+g(d,p) scrf=smd Empiric ...

其实低级别上的opt freq就能给出单点能和焓、自由能，只不过比较粗糙。高级别的单点能+低级别的热力学校正量得到焓和自由能更好。

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-6 21:11:43

chands 发表于 2022-6-6 21:01
其实低级别上的opt freq就能给出单点能和焓、自由能，只不过比较粗糙。高级别的单点能+低级别的热力学校 ...

哦哦，这下终于搞明白啦老师，和我师妹告诉我的完全对上啦哈哈～

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