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[Amber] 求助:计算PCA报错

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各位老师好,我使用Amber进行蛋白质配体复合物的MD模拟,我对同一个蛋白质受体,用两个不同的小分子进行了MD模拟,然后我想对二者的轨迹进行一下PCA分析,因为想要看看构象更倾向于那个复合物。

我不知道我这样进行可以不可以,对这个PCA分析了解的不太够,不过我是按照amber的教程走的,报错之后,我就不知道该怎么办了,希望老师给解答一下。要是我对PCA理解有误,麻烦老师指导一下。

下面是我的输入文件和部分报错。


9fde97a56752464c8ef4056e2a2a89d.jpg (596.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

输入文件

输入文件

2aa449814b067f5c2e558bf546b1f2b.jpg (632.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

报错文件

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