MD论文返修意见咨询

华理小妮

各位老师我想问一下：
本人是做分子印迹技术的，运用该技术的首要前提条件是需要为目标模板分子寻找到合适的印迹体系，一个合适印迹体系的标志是在某一合适印剂溶剂中，选择的另一功能单体分子能够与模板分子形成良好的结合，多是非共价结合（氢键或疏水作用）。所以我用gromacs模拟了不同溶剂下模板分子和不同功能单体的结合情况，试图找到合适的印迹体系。
但是现在遇到一个问题，在氯仿溶剂下，模板分子和功能单体之间形成的氢键个数随时间不平衡（图.1）。审稿人提出了这个问题。但是我重新跑了30ns还是没看到有任何平衡的趋势（图.2）。
之前sober老师说是体系太小的缘故，把体系扩大，波动就会小很多，但是我能这么理解吗，是体系小的缘故而不是没有平衡的原因。只要体系平衡了数据还是可以用的。图.3是我的模板分子和功能单体分子的结构式
另外，我的我生产相统计了5ns，审稿人问我为什么统计5ns。

abdoman

有一点不明白，你的模拟体系里面CDCA与AM分子数目分别是多少？
为什么纵坐标值为60 左右？

华理小妮

abdoman 发表于 2022-5-18 16:42
有一点不明白，你的模拟体系里面CDCA与AM分子数目分别是多少？
为什么纵坐标值为60 左右？

CDCA是30个，AM是90个，和实际情况换算的

pinpo

你把体系扩大，时间长点（如果体系不大可以100ns以上），重新计算一下，看看具体什么原因。一般md完成后，分析体系平衡后的相关性质更有意义吧

华理小妮

pinpo 发表于 2022-5-18 18:55
你把体系扩大，时间长点（如果体系不大可以100ns以上），重新计算一下，看看具体什么原因。一般md完成后， ...

我重新多跑了30ns，发现还是不行，不平衡，所以我现在也不知道是什么原因

华理小妮

华理小妮 发表于 2022-5-22 15:31
我重新多跑了30ns，发现还是不行，不平衡，所以我现在也不知道是什么原因

因为我有很多个体系，如果都进行扩大，然后重新跑要非常多的时间，具体我也不知道要扩大到多少倍

ene

有没有一种可能，就是你这些分子之间的聚合不是由氢键主导的，或者结合的其实没有你想象的那么紧密，所以氢键数量随着时间波动的很厉害。