有机物在石英表面吸附模拟求助

shun

我想做有机物在石英表面吸附的分子模拟。

图1是我的模型。

包括三部分：

由上至下分别是：1、真空层。2、move（有机物层）。3、jidi（石英晶体层）

我的思路是：

1、能量最小化

2、在npt系综下驰豫（常温常压），使得体系达到一个合理的密度（确切的说是使得有机物层达到一个合理的密度）。在这个过程中，石英晶体保持不动。

3、驰豫结束，转为nvt系综，跑平衡，产出。

下面是我第1步和第2步（能量最小化和驰豫）的in：

#minimize

min_style sd

minimize1.0e-9 1.0e-9 10000 10000

velocityjidi set 0 0 0

velocitymove create 298.0 4928459 dist gaussian

fix 1move npt temp 298.0 298.0 100.0 drag 2 iso 1.0 1.0 1000.0

fix 2jidi nve

fix 3jidi setforce 0.0 0.0 0.0

timestep  1

thermo10

thermo_styleone

dump            1 all atom 100 dump.test

run         20000

理想中的结果是：

盒子上边界逐渐下移，盒子变小，有机物层相对稳定的铺展在石英晶体表面。

实际的结果是图2这样的。

大家帮我看看是怎么回事啊？是我写的in不对，还是给的参数不对。大家有啥改进的方法吗？

tjuptz

加真空还控压？

cszcyxzs

可能一个是真空控压，一个是本来这个温度压力有机物在给的体积下平衡态就这个密度，部分弥散在矿物上面