金属蛋白生成top文件时，CA离子被当作了C的问题求助

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-9-14 22:07:04

请问在使用amberFF99sb力场生成蛋白top文件，分别生成了蛋白top和金属top，但是金属中的CA离子被当作了C处理，导致我后面进行添加溶剂时会出现warning，对于这种情况，我该如何处理才对？求助

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2020-9-15 08:46:04

1 这个金属离子是抗衡离子还是配位离子，抗衡的话（就是不确定坐标，在哪里都可以）在制作top时用命令自动添加
2 如果你是配位的，必须在某一特定位置
1）检查你的pdb文件里的CA离子那行的最后一列是不是C和上下对齐而不是A,你缩进一个空格就行（这个如果可以你能不能发一下pdb的文件，CA这里截个图）
2）实在搞不定就用第一步加一个随机位置的抗衡CA离子然后把原来配位的坐标复制过来（下下策）

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-9-15 09:00:52

DoubeeTwT 发表于 2020-9-15 08:46
1 这个金属离子是抗衡离子还是配位离子，抗衡的话（就是不确定坐标，在哪里都可以）在制作top时用命令自动 ...

你好，我这个是配位离子，我上传了我的pdb文件，你看看，我在生产top时，他就变成c。

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-9-15 09:03:27

DoubeeTwT 发表于 2020-9-15 08:46
1 这个金属离子是抗衡离子还是配位离子，抗衡的话（就是不确定坐标，在哪里都可以）在制作top时用命令自动 ...

这是pdb的截图，后面是四个金属离子

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-9-15 10:46:36

DoubeeTwT 发表于 2020-9-15 08:46
1 这个金属离子是抗衡离子还是配位离子，抗衡的话（就是不确定坐标，在哪里都可以）在制作top时用命令自动 ...

原子里面有种写法C0就代表CA，是没错的，是我自己理解错了，谢谢你

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2020-9-15 14:38:01

本帖最后由 DoubeeTwT 于 2020-9-15 14:45 编辑

琦锅锅发表于 2020-9-15 10:46
原子里面有种写法C0就代表CA，是没错的，是我自己理解错了，谢谢你

所以现在解决了吗？看pdb似乎没什么问题
试试第四列（第二个CA往前缩进一格）

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-15 14:54:49

不要24小时内同时在公社QQ群和公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的计算化学公社论坛新人必读。
我都已经在群里回复过了。下次再这样就记违规了

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-9-15 15:34:19

sobereva 发表于 2020-9-15 14:54
不要24小时内同时在公社QQ群和公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的计算化学公社论坛新 ...

好的，以后会注意的，谢谢sob老师

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-9-15 20:35:56

DoubeeTwT 发表于 2020-9-15 14:38
所以现在解决了吗？看pdb似乎没什么问题
试试第四列（第二个CA往前缩进一格）

嗯嗯，解决了。我想请教一下，我的金属在活性位点处，为防止金属在MD过程中跑飞，要进行距离限制，一般是不是要在top文件中加入[distance_constraints]在最后面么？请问一般是什么格式

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-9-15 21:33:49

DoubeeTwT 发表于 2020-9-15 14:38
所以现在解决了吗？看pdb似乎没什么问题
试试第四列（第二个CA往前缩进一格）

这是我的top文件，我在网上看了挺多关于金属限制的，但是，对于它的处理还是很懵懂，所以，想请教一下你，该如何建立距离限制它，非常感谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-16 09:20:34

琦锅锅发表于 2020-9-15 20:35
嗯嗯，解决了。我想请教一下，我的金属在活性位点处，为防止金属在MD过程中跑飞，要进行距离限制，一般是 ...

格式在手册里的拓扑文件部分都有说明
先尝试直接跑，如果呆不住，再考虑加位置限制

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-9-16 14:59:06

sobereva 发表于 2020-9-16 09:20
格式在手册里的拓扑文件部分都有说明
先尝试直接跑，如果呆不住，再考虑加位置限制

好的，谢谢sob老师

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2020-9-18 10:21:59

琦锅锅发表于 2020-9-16 14:59
好的，谢谢sob老师

对于限制性MD,其实不是自然的情况，一般有两种使用到的情形
1）拉伸动力学：比如你知道一段loop区存在开合两种构象，你像研究两种构象之间的转化时长，受力，能量变化。这时候外加限制去移动它
2）构建体系：有时候复合物体系没有可信的晶体结构，同源建模的时候也是空载蛋白为模板，但我们通过实验上的突变已经可以确定口袋和活性位点，此时对接后通过限制性MD在对接结构下让受体和配体稳定一下有利于之后放开限制后的模拟体系更加稳定

因此对照上述，考察你的体系是否需要限制,毕竟是外力，加入要慎重，即使情况2也只是通过限制合理化初始结构，最后还是需要在无约束条件下模拟的

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-9-18 21:15:15

DoubeeTwT 发表于 2020-9-18 10:21
对于限制性MD,其实不是自然的情况，一般有两种使用到的情形
1）拉伸动力学：比如你知道一段loop区存在开 ...

好的，我在研究研究，非常感谢你的解答

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-9-26 21:40:20

sobereva 发表于 2020-9-16 09:20
格式在手册里的拓扑文件部分都有说明
先尝试直接跑，如果呆不住，再考虑加位置限制

sob老师，请问一下，查看模拟完成后的蛋白中的金属是否跑飞，是借助pymol或vmd查看最后结果的结构文件么？是查看什么文件呢？

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