计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 7082|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] 求助在分析表面静电势的时候,感兴趣的反应位点处没有出现静电势极大值点应该怎么办?

[复制链接 Copy URL]

33

帖子

0

威望

837

eV
积分
870

Level 4 (黑子)

请教各位老师,最近我在参照sob老师的博文《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》进行研究时遇到了一些问题,图中是我研究的体系,我想考察结构中2个异氰酸酯基的反应活性差距,但是做出来的数据,右边异氰酸酯基上的C原子附近出现了设想的静电势极大点,但是左边的异氰酸酯中却没有。我在研究其他结构的时候,通过调整分子表面分析的格点距离(从0.15增大至0.25),有时候能解决这个问题,找到极大值点。但还有一些结构,怎么调都找不到。所以想请教各位老师一下,这种情况有没有什么方法对它进行处理,能够找出左边这个静电势极大点呢?还请各位老师不吝赐教,十分感谢!

esp.png (471.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

静电势图

静电势图

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2020-9-17 12:43:58 | 只看该作者 Only view this author
极大点是否存在是数学定义上的事,左边的情况恰好没有某个顶点是比周围所有顶点静电势都更大罢了,本来就不存在相应的极大点。

你若想要那个区域的静电势的具体数值,用下文里提及的ESPpt方式显示表面顶点,在VMD里用键盘上的0进入查询模式,点击一个表面顶点,看文本窗口里的index号,然后去vtx.pdb查询相应表面顶点的静电势的值(B因子那一列)就完了。假设index号是5,那么将vtx.pdb里开头的多余的信息删掉后,就对应于位于第5+1=6行的表面顶点。
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

33

帖子

0

威望

837

eV
积分
870

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-17 15:23:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-17 12:43
极大点是否存在是数学定义上的事,左边的情况恰好没有某个顶点是比周围所有顶点静电势都更大罢了,本来就不 ...

感谢sob老师的回复,我还想请教一下,如果按照我这个结构的情况,想考察2个异氰酸酯的反应活性差距,还有没有其他的办法呢?因为如果左边的那个异氰酸酯基上找不到合适的静电势极大点(就是在用ESPext找表面顶点然后找不到),是不是就没办法比较了,只能换其他的方法比如比较原子电荷和福井函数了?再次感谢您的帮助!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2020-9-19 09:14:45 | 只看该作者 Only view this author
shaco 发表于 2020-9-17 15:23
感谢sob老师的回复,我还想请教一下,如果按照我这个结构的情况,想考察2个异氰酸酯的反应活性差距,还有 ...

本来静电势对于预测反应活性就不是理想、很靠谱的做法,反例太多了。用其它的。ALIE也非常有用,下文介绍了
静电势与平均局部离子化能综述合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

33

帖子

0

威望

837

eV
积分
870

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-19 13:04:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-19 09:14
本来静电势对于预测反应活性就不是理想、很靠谱的做法,反例太多了。用其它的。ALIE也非常有用,下文介绍 ...

好的,多谢sob老师的回复,我再仔细的看一下相关的博文

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 07:14 , Processed in 0.689283 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list