求助：模拟中分子错误自发团聚

rice · 发表于 Post on 2021-1-8 10:44:01

本帖最后由 rice 于 2021-1-8 10:47 编辑

题主模拟了水-三聚甲醛二元体系，采用OPLS-AA力场，三聚甲醛溶解度221g/L，在NPT过程中，三聚甲醛分子自发成团，表现出明显的分相情况。含量0.02时成团

，含量0.2时分层

。其中，水模型选用的spc/e，三聚甲醛的非键参数来自LigParGen Server，原子电荷采用重新拟合的RESP电荷，单独三聚甲醛体系的话，密度偏差小于5%（采用在线工具分配的电荷、CM5*1.2密度偏差都很大）。请问各位大佬，我这种情况该如何解决呢，谢谢大家。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-1-8 11:07:38

感觉跟实验不矛盾吧，没准实验里看到的三聚甲醛溶解就是以团簇形式溶解，而不是以单个分子的形式溶解的呢
另外有可能这个体系的溶解度随温度变化特别大，单看某个特定温度下的溶解度，似乎误差特别大，但是如果你看的是“达到某个特定溶解度需要的温度”，可能差得不一定很多。好比你在273.15K，1atm下对冰水混合物做NPT，结果几乎一定是要么水全结冰了，要么冰全化了，你不能说因为模拟结果和实验存在定性区别，就说力场不靠谱，因为本来在冰的熔点附近，体系行为就对模型误差极度敏感，可能你改成在270K模拟，就发现冰水共存了。

rice · 发表于 Post on 2021-1-8 11:16:45

wzkchem5 发表于 2021-1-8 11:07
感觉跟实验不矛盾吧，没准实验里看到的三聚甲醛溶解就是以团簇形式溶解，而不是以单个分子的形式溶解的呢
...

感谢回复，25℃下溶解度为221g/L，我的模拟条件也为25℃，1atm，分层那个图得模拟温度为90℃。我再去试试把低浓度体系温度升高，看看有没有大的变化，再次感谢

k64_cc · 发表于 Post on 2021-1-8 17:06:45

换GAFF/GAFF2再来一遍。我之前用OPLS-AA也出现了这种神奇的情况，有机相看起来颇反直觉，但是GAFF和CHARMM都挺正常的。

rice · 发表于 Post on 2021-1-9 12:07:08

k64_cc 发表于 2021-1-8 17:06
换GAFF/GAFF2再来一遍。我之前用OPLS-AA也出现了这种神奇的情况，有机相看起来颇反直觉，但是GAFF和CHARMM ...

好的，感谢建议，我去试试。但是我后面还要加别的物质，力场也是基于OPLS的，基本上我遇到的这种“反直觉”无解了么？

k64_cc · 发表于 Post on 2021-1-9 12:48:52

本帖最后由 k64_cc 于 2021-1-9 12:55 编辑

rice 发表于 2021-1-9 12:07
好的，感谢建议，我去试试。但是我后面还要加别的物质，力场也是基于OPLS的，基本上我遇到的这种“反直觉 ...

你先试试GAFF……大不了就全迁移成GAFF嘛，都能等效替换。实在不行其实还可以试试OpenForcefield，小分子上还挺靠谱的，感觉有希望终结传统力场形式。

rice · 发表于 Post on 2021-1-12 10:22:25

k64_cc 发表于 2021-1-9 12:48
你先试试GAFF……大不了就全迁移成GAFF嘛，都能等效替换。实在不行其实还可以试试OpenForcefield，小分子 ...

谢谢您支的招，我想问一下，GAFF力场是基于AMBER力场开发的小分子力场，

，OPLS与AMBER的力场comb-rule、fudgeQQ项都不一样，那参数应该怎么变换移植呢？

k64_cc · 发表于 Post on 2021-1-12 12:29:09

rice 发表于 2021-1-12 10:22
谢谢您支的招，我想问一下，GAFF力场是基于AMBER力场开发的小分子力场，，OPLS与AMBER的力场comb-rule、f ...

为什么要移植？重新拿一套力场参数跑啊。

rice · 发表于 Post on 2021-1-13 11:37:19

k64_cc 发表于 2021-1-12 12:29
为什么要移植？重新拿一套力场参数跑啊。

噢噢，谢谢您，我去试试看

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：模拟中分子错误自发团聚