求助：运行REMD，副本数目需要相同量的核数来对应，只能采用超算中心的资源吗？

AKB2005 · 发表于 Post on 2020-9-24 10:26:06

大家好，我现在在尝试做T-REMD，但是发现构建了26个副本之后，但是我们只有10核的资源，我运行了命令，gromacs提示：
The number of ranks (10) is not a multiple of the number of simulations (26)
这样就说明只能运用26个核才能并行处理这26个副本吗？需要使用超算中心的资源才能跑的动？

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-24 10:33:01

现在买较新的双路服务器普遍都在30核以上，几年前36核服务器也才两万多而已（《淘宝店购买双路2696v3服务器的过程、使用感受和杂谈》http://bbs.keinsci.com/thread-6310-1-1.html）

AKB2005 · 发表于 Post on 2020-9-24 10:59:59

sobereva 发表于 2020-9-24 10:33
现在买较新的双路服务器普遍都在30核以上，几年前36核服务器也才两万多而已（《淘宝店购买双路2696v3服务器 ...

谢谢老师的回复，这个就只能问下导师的意愿了

k64_cc · 发表于 Post on 2020-9-24 11:06:18

别开openmp，然后开多于CPU数目的MPI进程，也可以跑起来的。

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-24 12:04:18

你用-nt 26 -ntmpi 26虽然也可以跑，但由于并行线程数多于物理核心数，资源争抢导致速度会很慢，你要不在乎就凑合跑吧

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：运行REMD，副本数目需要相同量的核数来对应，只能采用超算中心的资源吗？

浏览过的版块