计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10167|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 金属蛋白动力学模拟结果显示问题求助

[复制链接 Copy URL]

55

帖子

0

威望

169

eV
积分
224

Level 3 能力者

请问一下,金属蛋白在进行动力学模拟时的结构中,两个钙离子display以后连在一起显示棒状,会对后面的结果产生影响么?这种该怎么处理呢?
还有对金属进行距离限制时,在模拟的每一步mdp文件中都需要加disre等一系列参数,还是只在最后一步模拟mdp中加入disre?

]SVXN$(@2GT3FTZWD[C5X_J.png (136.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 45)

]SVXN$(@2GT3FTZWD[C5X_J.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2020-10-7 00:27:21 | 只看该作者 Only view this author
应当说清楚用的什么可视化程序
可视化程序里看到的是什么连接关系和你的实际计算没有直接联系,影响实际计算的是拓扑文件里的内容。当前体系完全不需要加距离限制。另外距离限制是体现在拓扑文件里的而不是体现在mdp里的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

55

帖子

0

威望

169

eV
积分
224

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-8 09:35:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-7 00:27
应当说清楚用的什么可视化程序
可视化程序里看到的是什么连接关系和你的实际计算没有直接联系,影响实际计 ...

嗯嗯,好的,谢谢sob老师,我以后会注意的

55

帖子

0

威望

169

eV
积分
224

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-9 11:15:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-7 00:27
应当说清楚用的什么可视化程序
可视化程序里看到的是什么连接关系和你的实际计算没有直接联系,影响实际计 ...

sob老师,运行md时,我在topol.top文件中加入了距离限制,但不知道这样写是否正确有效,只出现如图所示的NOTE,请问一下这样写是否正确,出现这种提示该如何处理?

QQ图片20201009110020.png (14.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

QQ图片20201009110020.png

topol.top

3.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 8

md.mdp

2.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2020-10-10 03:48:41 | 只看该作者 Only view this author
琦锅锅 发表于 2020-10-9 11:15
sob老师,运行md时,我在topol.top文件中加入了距离限制,但不知道这样写是否正确有效,只出现如图所示的 ...

不用管这note
你的mdp里没用define = -DDISRES,拓扑文件里的距离限制字段根本不生效
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

55

帖子

0

威望

169

eV
积分
224

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-10 09:33:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-10 03:48
不用管这note
你的mdp里没用define = -DDISRES,拓扑文件里的距离限制字段根本不生效

嗯嗯,好的,谢谢sob老师

55

帖子

0

威望

169

eV
积分
224

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-10 11:07:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-10 03:48
不用管这note
你的mdp里没用define = -DDISRES,拓扑文件里的距离限制字段根本不生效

sob老师,我在mdp文件中添加了define之后运行,出现这种fatal error,尝试解决,但还是出错,请问遇到这种情况该如何处理呢?

}BQ]RGT33H5309{`]S$HS3C.png (20.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

}BQ]RGT33H5309{`]S$HS3C.png

55

帖子

0

威望

169

eV
积分
224

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-12 22:41:23 | 只看该作者 Only view this author
琦锅锅 发表于 2020-10-10 11:07
sob老师,我在mdp文件中添加了define之后运行,出现这种fatal error,尝试解决,但还是出错,请问遇到这 ...

这个问题已解决,可能是系统太小,无法在MPI级别高效运行,应使用-ntmpi 1运行
命令应该是gmx mdrun -deffnm X -ntmpi 1

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 04:00 , Processed in 0.169454 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list