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[分子对接] 分子对接结果中氢键长度问题的请教

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我是用Autodock进行的分子对接,结果分析是用的discovery studio。最近审稿人回复我对我的氢键键长进行了质疑,在这里请教下各位大佬。下面是审稿人提问:
The docking results are problematic, specifically, the quoted H-bond distances. These distances vary from 1.78 - 2.85 Å. Although it is not specified, the 2.85 Å distance seems to indicate distances omitting discrete Hydrogens; in which case, the distances less than 2.0 Å are absurd. If the distances include discrete Hydrogens, then distances greater than 2.2 Å are meaningless. Thus, the docking parameters used have either yielded absurd results, or the authors are including interactions that are too far apart to be meaningful H-bonds. Additionally, in this section the inhibition constants derived from docking studies are quoted to 5 digits of precision, and this is an absurd level of accuracy. Overall, the section on docking results is dubious at best.

其中discrete Hydrogens是指什么呢?我用Autodock、discovery studio、Pymol对结果分析所显示的氢键数量和键长都有所不同,这些软件例如discovery studio分析的氢键键长是否可以自己设置键长统计范围?

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发表于 Post on 2020-7-6 14:33:31 | 只看该作者 Only view this author
discrete Hydrogen应当是指的X-H...Y氢键里的H。审稿人没弄清楚你说的氢键具体是哪两个原子间距离,并且认为你给出的氢键距离有问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-7 10:33:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-6 14:33
discrete Hydrogen应当是指的X-H...Y氢键里的H。审稿人没弄清楚你说的氢键具体是哪两个原子间距离,并且认 ...

谢谢老师的解答。还有请问一下老师,分析软件给出的键长也会不正确吗,因为我文中的氢键键长都是软件中给出的。

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发表于 Post on 2020-7-8 03:41:25 | 只看该作者 Only view this author
江南月 发表于 2020-7-7 10:33
谢谢老师的解答。还有请问一下老师,分析软件给出的键长也会不正确吗,因为我文中的氢键键长都是软件中给 ...

别盲目信分析软件的,合不合理显然得自己检查
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发表于 Post on 2020-9-21 11:33:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-6 14:33
discrete Hydrogen应当是指的X-H...Y氢键里的H。审稿人没弄清楚你说的氢键具体是哪两个原子间距离,并且认 ...

老师您好,想问一下氢键的长度到底指的是X到Y还是H到Y的距离呢?我一直对此感到疑惑,希望老师能提点一下,非常感谢!

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发表于 Post on 2020-9-21 12:38:20 | 只看该作者 Only view this author
Nikky 发表于 2020-9-21 11:33
老师您好,想问一下氢键的长度到底指的是X到Y还是H到Y的距离呢?我一直对此感到疑惑,希望老师能提点一下 ...

H到Y
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发表于 Post on 2020-9-21 12:59:30 | 只看该作者 Only view this author
Nikky 发表于 2020-9-21 11:33
老师您好,想问一下氢键的长度到底指的是X到Y还是H到Y的距离呢?我一直对此感到疑惑,希望老师能提点一下 ...

通常用X...Y的距离
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发表于 Post on 2020-9-21 13:22:58 | 只看该作者 Only view this author
X到Y,短距离氢键也存在,目前也受到越来越多的关注,但主要来自于晶体结构解析出来的,对接不可能给出短距离氢键的。
Zhou, S. & Wang, L. Unraveling the structural and chemical features of biological short
hydrogen bonds. Chem. Sci., (2019).

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发表于 Post on 2020-9-21 15:00:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-21 12:59
通常用X...Y的距离

了解了,非常感谢老师

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发表于 Post on 2020-9-21 15:02:30 | 只看该作者 Only view this author
wyb 发表于 2020-9-21 13:22
X到Y,短距离氢键也存在,目前也受到越来越多的关注,但主要来自于晶体结构解析出来的,对接不可能给出短距 ...

谢谢同学!

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发表于 Post on 2020-9-21 15:07:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-21 12:59
通常用X...Y的距离

老师,还想问一下,我研究的是C-H...O,可以通过测出C-O的距离来初步判断是否存在原子间作用力(氢键)吗?(后期打算再通过PDOS和布居进一步分析)

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发表于 Post on 2020-9-22 22:46:46 | 只看该作者 Only view this author
Nikky 发表于 2020-9-21 15:07
老师,还想问一下,我研究的是C-H...O,可以通过测出C-O的距离来初步判断是否存在原子间作用力(氢键)吗 ...

PDOS跟这种问题根本没直接联系
能考察弱相互作用的方法多了去了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

C-H...O的氢键强度极弱,和范德华作用相近。用Multiwfn做RDG或IGM或IGMH分析就能直观展现是否存在相应的氢键,这些方法在上文里都介绍了。

另外还可以用Multiwfn做AIM分析直接估计氢键键能,非常推荐使用,看
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html
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发表于 Post on 2020-9-23 14:44:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-22 22:46
PDOS跟这种问题根本没直接联系
能考察弱相互作用的方法多了去了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概 ...

收到,非常感谢!

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