求助: Parrinello-Rahman压浴的使用

北京的大猫 · 发表于 Post on 2020-9-8 15:25:15

各位前辈及sob老师好,我是一个MD的新手,在使用PR压浴过程中遇到一些困难,希望得到大家的帮助:

   我的体系是一个是简单的离子液体体系,考虑到PR压浴能产生严格正确的系综,我想在产生相中使用它.为此,我先使用vrescale恒温器和berendsen恒压器在600K模拟20+ns,然后将得到的cpt文件用于下步的产生相模拟,采用PR压浴,时间步长采用1.0fs,tau_p采用2.5,热浴继续v-rescale,但是模拟一段时间以后就崩溃了.显示"1-4 interaction not within cutoff........,segment fault"等等
   我在公社论坛上查过一些资料,说是体系的拓扑文件不合理,为此,我仔细检查过自己的力场文件(我是为其编写了rtp文件,使用pdb2gmx生成拓扑文件),并且也排除了版本的问题(gmx 2019.6也会崩溃),也在真空中模拟了单个分子(构型可以保持),另外还做了以下尝试:
   1.对于模拟温度在300K时,使用PR压浴体系可以保持稳定
   2.使用0.9fs或者0.8fs模拟600K,使用PR压浴体系可以保持稳定
   3.将PR压浴的频率改成每步控温,体系可以保持稳定
我想知道这种情况下是不是只能使用0.9fs或者0.8fs步长继续模拟,还是说我的体系有问题?

   谢谢各位老师!

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-9 06:15:12

“将PR压浴的频率改成每步控温”语义不明，控温和控压是两码事。如果是指每步都控压，这样做可以。

另外也可以把PR压浴的时间常数改大点，让压浴效果减弱试试。

不建议把步长改0.8、0.9 fs，显得莫名其妙

北京的大猫 · 发表于 Post on 2020-9-10 08:51:43

sobereva 发表于 2020-9-9 06:15
“将PR压浴的频率改成每步控温”语义不明，控温和控压是两码事。如果是指每步都控压，这样做可以。

另外 ...

sob老师,那句话表意不明,是想表达每步控压.
我把PR压浴的时间常数改成4.0,1.0fs下就能正常运行了.
谢谢您,sob老师!

北京的大猫 · 发表于 Post on 2020-9-21 17:48:22

sobereva 发表于 2020-9-9 06:15
“将PR压浴的频率改成每步控温”语义不明，控温和控压是两码事。如果是指每步都控压，这样做可以。

另外 ...

sob老师，我的简单的离子液体的体系用groamcs的berendsen压浴得到的密度是正常的，用PR压浴的时候得到的密度偏小，我把nstpcouple改成1，pr压浴下得到的密度就接近正常值了，那么PR压浴可以这么用么？我记得您上课说一般不要自己修改。

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-22 22:51:14

北京的大猫发表于 2020-9-21 17:48
sob老师，我的简单的离子液体的体系用groamcs的berendsen压浴得到的密度是正常的，用PR压浴的时候得到的 ...

可以

北京的大猫 · 发表于 Post on 2020-9-23 21:30:27

sobereva 发表于 2020-9-22 22:51
可以

谢谢老师~

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助: Parrinello-Rahman压浴的使用