利用mktop制作的小分子OPLS力场，出现 No default Ryckaert-Bell. types 问题

yaochuang · 发表于 Post on 2015-6-4 18:19:45

大家好，我在用mktop制作一个小分子的OPLS力场文件之后，利用gromacs的grompp时出现以下问题，请大家帮我看看。
小分子是一类噻吩，结构如下：

利用mktop成功的得到了toplog.top文件，为了方便我制作了ipt文件，但是在运行grompp时出现以下的错误信息：

我查了一下报错其所对应的itp文件的地方，是表征二面角的地方：

我弄了很久也不知道该怎么改，还请大家帮帮忙~ 先在这里谢谢了！

sobereva · 发表于 Post on 2015-6-4 18:56:53

把grompp时所有涉及到的文件作为附件贴出来

yaochuang · 发表于 Post on 2015-6-5 08:32:06

本帖最后由 yaochuang 于 2015-6-5 08:47 编辑

sobereva 发表于 2015-6-4 18:56
把grompp时所有涉及到的文件作为附件贴出来

谢谢sob老师，用到的是 grompp -f em.mdp -p topol.top -c start.gro -o em.tpr

em.mdp

em.mdp (482 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 11)
P3HT5.itp

P3HT5.itp (29.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)
start.gro

start.gro (27.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)
topol.top

topol.top (518 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 29)

利用mktop制作top和itp的命令和文件
perl mktop_2.2.1.pl -i P3HT5.pdb -o topology.top -ff opls -conect yes

P3HT5.pdb

P3HT5.pdb (12.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

sobereva · 发表于 Post on 2015-6-5 14:07:51

这是因为opls力场目录下的ffbonded.itp里没有对应的二面角项。

比如525行出错，内容是
2 1 5 4 3
从此文件前面可以看到2 1 5 4对应于opls_142 opls_142 opls_202 opls_178，从ffnonbonded.itp里可以看到进一步对应于CM CM S C=。但是在ffbonded.itp里面的[ dihedraltypes ]中查不到CM CM S C=，因此提示没有对应的参数。你必须手动把CM CM S C=的参数补进去。

之所以提示缺这么多参数是因为体系含硫，OPLS没有自带那么多种硫相关的二面角参数。要么自己想办法拟合出来（比较复杂），要么看看自带的和硫有关的二面角参数有没有能借用的，也可以考虑借用氧的对应二面角参数（毕竟和硫是同一族的）。或者就换力场，比如用OBGMX产生基于UFF的拓扑文件，或者靠antechamber生成参数然后再通过acpype转成gmx的格式。

yaochuang · 发表于 Post on 2015-6-5 15:07:49

sobereva 发表于 2015-6-5 14:07
这是因为opls力场目录下的ffbonded.itp里没有对应的二面角项。

比如525行出错，内容是

谢谢，sob老师，那我先用UFF力场试试。

yaochuang · 发表于 Post on 2015-6-5 17:11:21

sobereva 发表于 2015-6-5 14:07
这是因为opls力场目录下的ffbonded.itp里没有对应的二面角项。

比如525行出错，内容是

sob老师，我换成UFF力场后，跑完能量最小化的任务后分子居然散掉了。估计里面的力场参数可能不太对。

如果我想用你说的自己拟合二面角参数的话，我应该怎么做呢？你可以给我说说拟合的步骤吗？谢谢了！

sobereva · 发表于 Post on 2015-6-6 00:12:08

没有经验的话拟合参数不好搞，尤其是还是环状体系。建议先尝试antechamber

yaochuang · 发表于 Post on 2015-6-6 08:21:17

sobereva 发表于 2015-6-6 00:12
没有经验的话拟合参数不好搞，尤其是还是环状体系。建议先尝试antechamber

好的，那我试一下antechamber~ 谢谢！

xyz · 发表于 Post on 2015-6-7 02:10:18

本帖最后由 xyz 于 2015-6-7 02:11 编辑

似乎在浪费时间。。。P3HT的力场不是有N套N成熟的了么。。。为啥自己开发？模拟应用的文章也有一堆，参数都公布在文章里了(你从来不读文献么？)，总共就没几个键长，二面角。生成topology，手填就行了。如下：
“Accurate Force Field Development for Modeling Conjugated Polymers” Dubay et al. dx.doi.org/10.1021/ct300175w | J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4556−4569.

我有一套P3HT amber格式参数, 骨架就是上面的OPLS-2005，侧链也是特别优化过的烷基链 opls，要得话站内。

yaochuang · 发表于 Post on 2015-6-7 08:48:15

xyz 发表于 2015-6-7 02:10
似乎在浪费时间。。。P3HT的力场不是有N套N成熟的了么。。。为啥自己开发？模拟应用的文章也有一堆，参数都 ...

谢谢你的回复，我也看到了一些文章有报道，我是想通过这个例子来学习关于力场参数的含义和设定，以及两种不同的力场之间的参数如何转换。还希望不吝赐教！

小潘潘 · 发表于 Post on 2020-9-30 20:49:42

老师，我在用MKTOP制作PCBM分子的OPLS力场的top文件总是会卡在Number of atoms: 88这个地方，下面是我用的pdb文件，电荷的txt文件和修改gromacs路径后的mktop.pl文件，输入命令是perl mktop.pl -i PCBM-1.pdb -c charge.txt -o PCBM.top -ff opls -conect yes能否麻烦老师帮我看一下到底是哪里出了问题？

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[GROMACS] 利用mktop制作的小分子OPLS力场，出现 No default Ryckaert-Bell. types 问题

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