超算上跑ORCA任务中止咨询原因

1130240115 · 发表于 Post on 2020-9-30 23:26:50

本帖最后由 1130240115 于 2020-10-1 09:53 编辑

我在超算上用ORCA跑一个体系的从头算动力学，任务提交没一会就中止了，不太清楚是什么原因。请问各位老师能否帮忙解答一下（压缩包已上传），谢谢各位老师。

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-1 02:10:25

initvel别上来就设那么高，容易崩
设小，诸如50 K再试。如果还不行，换个简单分子测试一下服务器上ORCA跑AIMD本身是否正常。

1130240115 · 发表于 Post on 2020-10-1 08:34:47

sobereva 发表于 2020-10-1 02:10
initvel别上来就设那么高，容易崩
设小，诸如50 K再试。如果还不行，换个简单分子测试一下服务器上ORCA跑A ...

谢谢老师回复，我试一下

1130240115 · 发表于 Post on 2020-10-1 09:54:50

sobereva 发表于 2020-10-1 02:10
initvel别上来就设那么高，容易崩
设小，诸如50 K再试。如果还不行，换个简单分子测试一下服务器上ORCA跑A ...

老师，我按照您的建议修改了输入文件，这次没有崩溃，但是跑了不到10s就退出了，不清楚原因，您能否再帮忙解答一下。输入输出文件上传到了名称为correct.rar的压缩包中了，谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-1 11:05:07

1130240115 发表于 2020-10-1 09:54
老师，我按照您的建议修改了输入文件，这次没有崩溃，但是跑了不到10s就退出了，不清楚原因，您能否再帮 ...

提交任务的方式有问题。正常情况下ORCA输出文件开头的那个header只打印一次，但你这个输出文件打印了好多次，可能是每个核都单独跑了一个ORCA任务。
你再研究一下你们作业调度系统的用法吧

1130240115 · 发表于 Post on 2020-10-1 13:36:24

wzkchem5 发表于 2020-10-1 11:05
提交任务的方式有问题。正常情况下ORCA输出文件开头的那个header只打印一次，但你这个输出文件打印了好多 ...

谢谢老师回复。但是老师您清楚为什么跑了一会就中止了？而且没显示报错

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-1 13:48:00

1130240115 发表于 2020-10-1 13:36
谢谢老师回复。但是老师您清楚为什么跑了一会就中止了？而且没显示报错

其实MD模块报错退出了，只不过ORCA主程序没有报错。
MD模块报错是因为你同时跑的这几个ORCA任务都在读、写同一个文件，造成了冲突。
之所以ORCA主程序没有报错，是因为MD模块在写的时候没考虑你这里遇到的错误情况，所以没把出错信息传给主程序，主程序不知道MD模块是异常结束的。

1130240115 · 发表于 Post on 2020-10-1 13:57:06

本帖最后由 1130240115 于 2020-10-1 13:59 编辑

wzkchem5 发表于 2020-10-1 13:48
其实MD模块报错退出了，只不过ORCA主程序没有报错。
MD模块报错是因为你同时跑的这几个ORCA任务都在读、 ...

谢谢老师，归根结底还是软件安装出了问题？我昨天用同样的核数用B97-3c跑了一个单点，结果发现比Gaussian用M06-2X/6-31G(d,p)还慢很多，一直不理解，原来问题出现在这里。谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-1 16:50:58

1130240115 发表于 2020-10-1 13:57
谢谢老师，归根结底还是软件安装出了问题？我昨天用同样的核数用B97-3c跑了一个单点，结果发现比Gaussian ...

也可能是脚本写的问题。注意高斯是OpenMP并行，ORCA是MPI并行，所以不一定说提交高斯任务的脚本简单改一下就可以用来提交ORCA了。建议仔细研究一下你们服务器的并行环境，以及作业调度系统。

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