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[GROMACS] 进行完真空的动力学模拟后,为什么聚合物链沿轴的方向发生改变?

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建立的聚合物的模型聚合度的方向是沿z轴的,但是进行真空下的npt动力学模拟后,聚合度的方向沿z轴变成了x轴,请问初始状态聚合物链的轴向有特定的要求吗?

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发表于 Post on 2020-10-10 12:10:26 | 只看该作者 Only view this author
你确定真空下进行了NPT?

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发表于 Post on 2020-10-10 14:45:19 | 只看该作者 Only view this author
因为热浴会给分子的速度引入旋转的分量,所以聚合物可以旋转。
这个丝毫不影响。如果因为某种原因你之后的分析必须让聚合物链的方向是z方向,那你整体旋转一下就行了。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-10 20:51:54 | 只看该作者 Only view this author
xiaowu759 发表于 2020-10-10 12:10
你确定真空下进行了NPT?

是的,没有用溶剂,只有聚合物,这应该是真空吧?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-10 20:54:17 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-10 14:45
因为热浴会给分子的速度引入旋转的分量,所以聚合物可以旋转。
这个丝毫不影响。如果因为某种原因你之后的 ...

具体的方向的分析我倒没有这个要求,就是不知道为什么沿轴的方向完全发生了变化。有时候在溶剂中的模拟也是,聚合物链本来是沿着z轴,最后变成了x轴,不明白为什么会这样

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发表于 Post on 2020-10-10 21:25:25 | 只看该作者 Only view this author
热运动势必造成自发旋转。哪怕初速度把旋转分量投影掉了,由于模拟过程中受力计算误差累计,照样之后也可能旋转起来

不想出现旋转的话将体系设成消平动转动的组就完了。
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发表于 Post on 2020-10-11 10:38:59 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2020-10-10 20:51
是的,没有用溶剂,只有聚合物,这应该是真空吧?

关键是真空下压强为0,所以NPT的P很难控制。他的意思可能是怀疑你是NVT
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-12 08:51:06 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-11 10:38
关键是真空下压强为0,所以NPT的P很难控制。他的意思可能是怀疑你是NVT

是在npt系综下,没有加任何溶剂,只有聚合物的条件下进行的模拟。

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发表于 Post on 2020-10-12 09:00:43 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2020-10-12 08:51
是在npt系综下,没有加任何溶剂,只有聚合物的条件下进行的模拟。

你这是纯聚合物相……真空只能NVT或者做noPBC

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-12 10:08:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-10 21:25
热运动势必造成自发旋转。哪怕初速度把旋转分量投影掉了,由于模拟过程中受力计算误差累计,照样之后也可能 ...

谢谢老师,我看有的地方把聚合方向先调成x轴,利用平行x轴后的gro文件在进行模拟计算。有这个必要吗?
请问老师如果消除平动和转动对实验结果有影响吗?

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发表于 Post on 2020-10-13 06:35:27 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2020-10-12 10:08
谢谢老师,我看有的地方把聚合方向先调成x轴,利用平行x轴后的gro文件在进行模拟计算。有这个必要吗?
...

没必要。除非用的一些分析工具在满足这个条件下用起来比较方便
没不良影响
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-15 15:28:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-13 06:35
没必要。除非用的一些分析工具在满足这个条件下用起来比较方便
没不良影响

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-15 15:33:32 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2020-10-12 09:00
你这是纯聚合物相……真空只能NVT或者做noPBC

好的谢谢,我的表述出现了问题,那这种情况下是称为纯聚合物体系吗?剩余的盒子里面怎么描述?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-15 15:34:37 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-11 10:38
关键是真空下压强为0,所以NPT的P很难控制。他的意思可能是怀疑你是NVT

谢谢,那我要是在nvt下进行,模拟真空,mdp怎么设置呢?这个就不能很好的控制压力了吧

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发表于 Post on 2020-10-15 16:51:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 k64_cc 于 2020-10-15 16:52 编辑
努力向上的boy 发表于 2020-10-15 15:34
谢谢,那我要是在nvt下进行,模拟真空,mdp怎么设置呢?这个就不能很好的控制压力了吧

都真空了哪还有压力问题……你好好想想压力和真空是不是有点矛盾
NPT下面就是聚合物体系呗,你想描述啥?

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