求助：molclus调用obabel 出错 Could not setup force field.

yaoshi1206

Current date: 2020-10-17   Time: 10:30:32
Loading geometry         1 from the inputted geometry file
Generating obabel.xyz file...
Running: obabel obabel.xyz -O opted.xyz --energy --append "Energy" --ff MMFF94 --steps 1000
Could not setup force field.
0 molecules converted
PS：单独用obabel也不能设置MMFF94。

sobereva

可能是版本问题，或者你的体系里有乱七八糟MMFF94不支持的元素。

我用的2019年10月发布的OpenBabel 3.0.0处理普通有机体系是没有问题的。运行状况如图：

yaoshi1206

sobereva 发表于 2020-10-17 13:41
可能是版本问题，或者你的体系里有乱七八糟MMFF94不支持的元素。

我用的2019年10月发布的OpenBabel 3.0. ...

刚才测试了别的分子，运行没有问题。 再测试含钠的分子时，再次出现不能设置力场的错误。含钠的分子xyz文件如下：

1. 58
   
2. Molecule Name
   
3. C          1.30980        1.13320        0.99640
   
4. C          0.39890        0.63450       -0.14080
   
5. C          1.25430        0.53660       -1.41790
   
6. C         -0.19550       -0.73740        0.23330
   
7. C         -0.77000        1.61730       -0.35410
   
8. C          1.78030        1.93690       -1.79200
   
9. C          2.45840       -0.37140       -1.10930
   
10. C         -0.85250       -0.61830        1.62100
    
11. C          0.88810       -1.83290        0.24990
    
12. C         -0.22630        3.00480       -0.73460
    
13. C          2.62860        1.83550       -3.07340
    
14. C          0.59960        2.89350       -2.02880
    
15. C          2.00700       -1.81120       -0.80850
    
16. C         -1.47480       -1.97160        2.01220
    
17. C          0.83470       -2.83070        1.16530
    
18. O          1.09720        4.18500       -2.38820
    
19. C         -2.53990       -2.36650        0.97230
    
20. C         -3.40280       -1.42330        0.14430
    
21. C         -2.89060       -3.60210        0.61610
    
22. O         -4.10020       -2.18000       -0.86490
    
23. C         -4.15850       -3.49910       -0.25820
    
24. H          0.67530        0.14600       -2.22850
    
25. C          2.64730        2.48240       -0.64200
    
26. O          3.13880        3.77950       -0.98950
    
27. O         -3.48340       -0.17800        0.30650
    
28. S         -2.23410       -1.83400        3.61620
    
29. O         -1.21770       -1.45710        4.60860
    
30. O         -2.82790       -3.12540        3.98950
    
31. O         -3.42650       -0.66580        3.56940
    
32. H          1.70990        2.09150        0.73870
    
33. H          0.74100        1.21520        1.89900
    
34. H          2.11130        0.43940        1.14170
    
35. H         -0.93000       -1.01790       -0.49250
    
36. H         -1.34010        1.69320        0.54820
    
37. H         -1.39550        1.25560       -1.14330
    
38. H          2.95940        0.03100       -0.25370
    
39. H          3.12840       -0.39300       -1.94320
    
40. H         -0.11260       -0.34390        2.34360
    
41. H         -1.61650        0.13020        1.59090
    
42. H         -1.04420        3.67730       -0.88880
    
43. H          0.39550        3.37450        0.05380
    
44. H          2.02480        1.45750       -3.87180
    
45. H          2.99830        2.80510       -3.33400
    
46. H          3.45190        1.17330       -2.90460
    
47. H         -0.01620        2.51710       -2.81870
    
48. H          2.85410       -2.36570       -0.46220
    
49. H          1.62180       -2.25990       -1.70030
    
50. H         -0.71090       -2.72010        2.04220
    
51. H          1.58020       -3.59830        1.16410
    
52. H          0.04720       -2.85100        1.88940
    
53. H          1.61540        4.11560       -3.19340
    
54. H         -2.38860       -4.50510        0.89450
    
55. H         -5.01930       -3.57400        0.37290
    
56. H         -4.20590       -4.26680       -1.00200
    
57. H          2.05710        2.55120        0.24780
    
58. H          3.47200        1.82200       -0.47290
    
59. H          2.39890        4.37200       -1.14120
    
60. Na        -4.30520       -0.50660        5.42580

复制代码

sobereva

yaoshi1206 发表于 2020-10-17 22:26
刚才测试了别的分子，运行没有问题。 再测试含钠的分子时，再次出现不能设置力场的错误。含钠的分子xyz文 ...

MMFF94应当不支持钠，本身这也不是一般有机体系里的元素
用molclus调用xtb跑GFN0-xTB，甚至比调用Openbabel跑MMFF94还要快，而且还没有那么明显的元素方面的限制。