用Gaussian做振动分析与实验光谱对应不上

dazhong_jl · 发表于 Post on 2018-8-28 14:18:57

实验上测了氯化乙酰胆碱的太赫兹光谱，在1~2THz之间得到4个峰。但是用Gaussian做振动分析，后面两个峰差不多，前面两个峰完全不对。因为计算时用的单分子结构，会不会是因为样品晶体中不是单分子的缘故而导致的不匹配？

小范范1989 · 发表于 Post on 2018-8-28 15:19:21

会不会是分子其他构型？
个人理解哈，不一定准确

望月凝香 · 发表于 Post on 2018-8-29 02:46:58

优化了没有？带电荷体系的单分子真空与晶体排列相差还是不小的。
特别是晶体中有没有水和氢键？

一颗赛艇 · 发表于 Post on 2018-8-29 06:58:46

本帖最后由一颗赛艇于 2018-8-29 06:59 编辑

红外光谱会有和频和差频的成分。高斯一般是谐振模型下的简正振动模式，不包括非谐振成分和和差频。

以前上高等无机老师讲过……不过现在快全忘了……

dazhong_jl · 发表于 Post on 2018-8-29 09:09:27

望月凝香发表于 2018-8-29 02:46
优化了没有？带电荷体系的单分子真空与晶体排列相差还是不小的。
特别是晶体中有没有水和氢键？

优化倒是做了，不过我也感觉真正晶体里面的构型跟单分子会有比较大的差距，不过我该如何确定晶体结构呢？

dazhong_jl · 发表于 Post on 2018-8-29 09:13:13

小范范1989 发表于 2018-8-28 15:19
会不会是分子其他构型？
个人理解哈，不一定准确

我也感觉我用的真空单分子结构可能跟实际样品中的差很多

望月凝香 · 发表于 Post on 2018-8-29 12:10:21

dazhong_jl 发表于 2018-8-29 09:09
优化倒是做了，不过我也感觉真正晶体里面的构型跟单分子会有比较大的差距，不过我该如何确定晶体结构呢？

CCDC上有查到两个晶型，Scifinder上也找到两个报告。估计是有两种不同的晶型。
10.1107/S0365110X62002741

10.1016/0006-291X(70)90942-3

1100709.cif (3.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

131854.cif (4.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

上面两个cif文件和引文不一定对应。

dazhong_jl · 发表于 Post on 2018-8-29 12:20:41

望月凝香发表于 2018-8-29 12:10
CCDC上有查到两个晶型，Scifinder上也找到两个报告。估计是有两种不同的晶型。
10.1107/S0365110X620027 ...

非常感谢这么细致的回复，我用的就是131854.cif这个结构，两个结构我对比过，几乎是一样的

望月凝香 · 发表于 Post on 2018-8-29 14:21:50

dazhong_jl 发表于 2018-8-29 12:20
非常感谢这么细致的回复，我用的就是131854.cif这个结构，两个结构我对比过，几乎是一样的

你grow一下看看crystal packing。晶胞参数差别还是有的，就算数据比较老，这么大的差别已经可以认为是两个完全不同的数据了。

cqut2016 · 发表于 Post on 2020-10-20 11:13:27

请问你们计算太赫兹光谱是在IR Spectrum界面将X轴改为THz查看吗但是我的计算结果0-3THz波段没有波形是怎么回事呢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-20 12:23:48

cqut2016 发表于 2020-10-20 11:13
请问你们计算太赫兹光谱是在IR Spectrum界面将X轴改为THz查看吗但是我的计算结果0-3THz波段没有波形是 ...

可能你的THz光谱完全是分子整体平动转动贡献的，你单抽出一个分子算的话，算的是气相的平动转动，和凝聚相的结果完全不一样

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