gmx density作图出现奇怪的点的问题

FMGwenyanhoon · 发表于 Post on 2020-10-21 16:22:43

如图所示，比如用形如：
echo '0'| gmx density -f vacuum-prod.xtc -s vacuum-prod.tpr -o density.xvg -sl 1000 -ng 1 -b 5000 -e 15000
的命令查看密度分布的时候，总会出现这样奇怪的点，明明系统以及已经平衡。而且即使拉长模拟时间这些奇怪的点也不会消失。

想问问老师们这是啥原因，如何解决。

谢谢！！

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-22 04:19:52

-sl设小点试试，一般没必要设这么大
也可能是程序bug。如果能确认这点的话，无视就行了

FMGwenyanhoon · 发表于 Post on 2020-10-22 12:27:45

sobereva 发表于 2020-10-22 04:19
-sl设小点试试，一般没必要设这么大
也可能是程序bug。如果能确认这点的话，无视就行了

确实，-sl改成200就好了。ok谢谢您！

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