对生物体系模拟结果用VMD得到的.dx格式的静电势可以被什么软件使用进行模拟？

咕咕 · 发表于 Post on 2020-10-20 01:37:54

使用NAMD对一个生物膜+蛋白的体系进行了模拟并通过VMD的插件得到了.dx的静电势，想用这个静电势的map参与接下来的一个粗粒化的模拟，已知NAMD可以直接使用这种map，但是感觉NAMD不太适合做粗粒化，所以想问问GROMACS或者LAMMPS或者什么其他的软件能不能实现类似的操作（得到静电势-使用得到的静电势进行下一步的模拟这种操作），谢谢大家

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-20 05:40:07

.dx只不过是一个体数据格式，类似于cube文件，当前情况记录了三维空间各个位置的静电势值，我没看出这和粗粒化模拟有任何直接联系。gmx没有利用dx文件的功能

咕咕 · 发表于 Post on 2020-10-20 15:54:06

sobereva 发表于 2020-10-20 05:40
.dx只不过是一个体数据格式，类似于cube文件，当前情况记录了三维空间各个位置的静电势值，我没看出这和粗 ...

谢谢sob老师，我是刚开始接触这个，不懂的有点多。。
因为体系太大了，需要模拟的时间比较长，所以需要粗粒化的程度很大，所以就想从蛋白a全原子的模拟里面得到体系的静电势，然后再把蛋白b放在这个静电势里面，看看蛋白a的带电情况会对蛋白b的运动产生什么影响，，，所以就需要找到一个方法使用得到的静电势的map，我想请问一下sob老师有没有什么软件做模拟的时候可以在跑的时候使用这种之前得到的静电势的值，或者有没有什么方法可以做到类似的事情，谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-21 11:47:52

咕咕发表于 2020-10-20 15:54
谢谢sob老师，我是刚开始接触这个，不懂的有点多。。
因为体系太大了，需要模拟的时间比较长，所以需要 ...

你说的这种做法感觉并不怎么靠谱，或者即便有人用，那也是局限性很大的，绝对不是普适的做法
与其折腾这种不成熟、容易被质疑的手段，还不如老老实实直接跑模拟。何况现在GPU加速的MD又便宜又快

咕咕 · 发表于 Post on 2020-10-22 15:14:46

sobereva 发表于 2020-10-21 11:47
你说的这种做法感觉并不怎么靠谱，或者即便有人用，那也是局限性很大的，绝对不是普适的做法
与其折腾这 ...

谢谢sob老师的回答

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[综合交流] 对生物体系模拟结果用VMD得到的.dx格式的静电势可以被什么软件使用进行模拟？

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