gamess的eda能量分解失败

xijinyang

老师好，我在用gamess做eda的能量分解，基于b3lyp/6-311++G**，体系41个原子，因为体系较大，我是在超算的hugemem上做计算，内存有256GB，采用单节点16核并行（sockets并行方式。实际上hugemem机器有20核，我只用了16核，因为sockets并行好像上限是16个）。本来以为是足够了，可还是报错了。以下是我的输入参数：
$contrl scftyp=rhf runtyp=eda dfttyp=b3lyp coord=PRINAXIS icharg=-1 mult=1
  nosym=1 ispher=1 $end
$guess  guess=Huckel $end
$system mwords=1000 memddi=8000 $end
$basis gbasis=N311 ngauss=6 npfunc=1 ndfunc=1 diffsp=.t. diffs=.t. $end
$lmoeda matom(1)=3,38 mcharg(1)=-1,0 mmult(1)=1,1 supbas=.true. $end
$data
scn-eda
C1
S   16.0               8.70568300   16.32682200    6.24519900
N    7.0               6.56457800   14.51240300    6.68352900
C    6.0               7.45736300   15.25941100    6.50567800
Cl  17.0              11.77992900   19.98115600    7.22841100
Cl  17.0               3.92773300   11.07773000    7.40154500
O    8.0               8.14856900   12.11322000    9.56107400
O    8.0              11.33466900   15.68799800    9.44492700
O    8.0               7.92739100   18.70089400    9.85163500
O    8.0               4.73681800   15.13130700    9.89223200
N    7.0               4.39076400   13.19773100    8.81435900
N    7.0               6.17905400   11.65257100    8.58987500
N    7.0               6.47739100   13.64642800    9.84242000
N    7.0              11.51953400   17.69421600    8.45615400
N    7.0               9.74374800   19.25455500    8.66631800
N    7.0               9.62327300   17.16591500    9.78203500
C    6.0               5.23314100   13.95608500    9.51478600
C    6.0               4.93798000   12.07272300    8.38498600
C    6.0               6.89334600   12.49795900    9.33685500
C    6.0               9.00106600   12.99674400   10.23677600
C    6.0               9.16797500   12.85396400   11.60438300
H    1.0               8.59022900   12.11154400   12.14711700
C    6.0              10.06198100   13.69987700   12.25666300
H    1.0              10.18748800   13.61971400   13.33129100
C    6.0              10.78909600   14.65415600   11.54777300
H    1.0              11.48450800   15.32207700   12.04757800
C    6.0              10.58366300   14.75509200   10.18172300
C    6.0               9.69393000   13.94274900    9.49463900
H    1.0               9.50940100   14.08245300    8.43360200
C    6.0              10.79386400   16.88375000    9.23419300
C    6.0              10.93031700   18.85925900    8.23756100
C    6.0               9.13579700   18.34486300    9.43387700
C    6.0               7.16570400   17.76393500   10.56815500
C    6.0               7.17366600   17.81253400   11.95160100
H    1.0               7.81498100   18.52012800   12.46854800
C    6.0               6.36660900   16.91624900   12.64858800
H    1.0               6.37914800   16.91515100   13.73297500
C    6.0               5.55262300   16.01235000   11.97070300
H    1.0               4.91813300   15.31078300   12.50350600
C    6.0               5.58391800   16.00577000   10.58588200
C    6.0               6.38736800   16.86681700    9.85305300
H    1.0               6.44106000   16.80576300    8.77059100
$end

其实用的内存只有 8*（1000*16+8000）/1024=187.5Gb。输出的错误是在：
MONOMER  2 WITH ALL BASI
。。。。
          ---------------------------------------
          EDMISTON-RUEDENBERG ENERGY LOCALIZATION
          ---------------------------------------
          C.EDMISTON AND K.RUEDENBERG, REV.MOD.PHYS. 35, 457-465 (1963)

     --------------------------------------------
     PARTIAL TWO ELECTRON INTEGRAL TRANSFORMATION
     --------------------------------------------

NUMBER OF CORE MOLECULAR ORBITALS     =    0
NUMBER OF OCCUPIED MOLECULAR ORBITALS =  112
TOTAL NUMBER OF MOLECULAR ORBITALS    =  804
TOTAL NUMBER OF ATOMIC ORBITALS       =  839
THRESHOLD FOR KEEPING TRANSFORMED 2E- INTEGRALS = 1.000E-09

-------------------------------     ------------------------------
DISTRIBUTED DATA TRANSFORMATION     PROGRAM WRITTEN BY G. FLETCHER
-------------------------------     ------------------------------

THE DISTRIBUTED MEMORY REQUIRED FOR THIS STEP IS MEMDDI=  2270 MWORDS
CREATING DISTRIBUTED STORAGE FOR [OCC OCC|OCC OCC] INTEGRALS
DDI: Creating Array [0] - 6328 x 6328 = 40043584 words.
CREATING WORKSPACE OF SIZE VVOO
DDI: Creating Array [1] - 352380 x 6328 = 2229860640 words.

DDI: trouble creating distributed array!
Current number of data servers is 1
so each data server's slice of array [1] is 2229860640 words

Add more processors so required total array size 2229860640 words
divided by no. of processors (data servers) is less than 2 Gwords= 2147483643
For example, 2 or more data servers...


我明明是用了16个core，可还是提示我data servers 是1个。是不是我在MWORDS和MEMDDI设置上有问题？输出文件太大了，所以无法上传完整的。
另外我想问下firefly是不是不能做LMOEDA分解的？
谢谢了！

sobereva

gamess里核心分两种，一种是compute process，一种作为data server。后者用于支撑前者的计算，每个最多只能存2Gwords。而当前只有一个data server，而任务对内存需求量又稍微超过了2Gwords，所以让你增加data server，才能分担开。

MPI方式并行能在rungms里设定data server数，但是socket方式怎么设我也不清楚。可以试试在单节点上，当成两个node方式运行，每个8核，看看行不行。实在不行就MPI。
更好的做法是先试试把氢的弥散去掉看看是否能跑，这会降低内存需求量。氢的弥散没什么意义，尤其是super basis-set的情况是否带弥散影响不大。

firefly不支持，LMOEDA只有GAMESS-US支持。

xijinyang

sobereva 发表于 2015-11-2 17:17
gamess里核心分两种，一种是compute process，一种作为data server。后者用于支撑前者的计算，每个最多只能 ...

谢谢老师！
如果是用mpi并行的话，是不是直接在脚本里运行
rungms $INP $VER $N $PPN > input.log 譬如我想在2台节点，每台有20个核的机器上运行，N=40，PPN=20？这个PPN就是对应的data server？
再次感谢老师！

sobereva

xijinyang 发表于 2015-11-3 08:30
谢谢老师！
如果是用mpi并行的话，是不是直接在脚本里运行
rungms $INP $VER $N $PPN > input.log 譬如 ...

MPI并行方式的GAMESS我没用过，你可以看看rungms里的注释，里面搜data server就能找到要改的地方。