求助：石墨烯碳原子的CHARMM力场参数选择问题

tony283 · 发表于 Post on 2020-5-12 16:10:57

最近在用lammps做Aβ蛋白与石墨烯的MD，用的是charmm力场，遇到一个问题就是石墨烯的碳原子应该使用哪种碳原子的参数。查阅了十几篇文献都只是提到了石墨烯的碳原子是通过charmm力场归属的，翻看charmm的力场文件也没有发现专属于石墨烯的碳原子类型。请问，是否可以把石墨烯碳原子当作苯环的芳香碳原子处理，这种做法是否合理？刚刚开始做MD，所以有很多迷惑的地方，希望诸位不吝赐教。

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-12 23:08:16

CHARMM本身就没有对石墨烯专门定义原子类型，一般常见做法都是用芳香碳的原子类型

tony283 · 发表于 Post on 2020-5-13 09:25:54

sobereva 发表于 2020-5-12 23:08
CHARMM本身就没有对石墨烯专门定义原子类型，一般常见做法都是用芳香碳的原子类型

谢谢sob老师！

xiangmohuafeng · 发表于 Post on 2020-10-22 14:57:13

我看到一个教程，石墨烯原子类型采用CHARMM的General Force Field (CGenFF)6原子芳香环碳原子 CG2R61来代替，命令行是set all [atomselect top all]，$all set type CG2R61。

cheviax · 发表于 Post on 2020-10-23 19:21:34

本帖最后由 cheviax 于 2020-10-23 19:35 编辑

sobereva 发表于 2020-5-12 23:08
CHARMM本身就没有对石墨烯专门定义原子类型，一般常见做法都是用芳香碳的原子类型

ｓｏｂ老师，请问用苯中的原子类型ＣＧ２Ｒ６１去表示石墨烯中的碳原子的话该怎样做呢？
因为ｐｄｂ和ｇｒｏ文件中写的只有残基名称和原子名称，可以直接把残基名称全部改成BENZ然后原子名称改成其中一个碳的比如ＣＧ吗？
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刚刚试了下这样不行,残基名称改成benz的话另外11种原子也都得有6......

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-24 09:51:12

cheviax 发表于 2020-10-23 19:21
ｓｏｂ老师，请问用苯中的原子类型ＣＧ２Ｒ６１去表示石墨烯中的碳原子的话该怎样做呢？
因为ｐｄｂ和ｇ ...

我不用lammps，细节不清楚，这类问题我都用gromacs跑

cheviax · 发表于 Post on 2020-10-26 09:12:06

本帖最后由 cheviax 于 2020-10-26 10:44 编辑

sobereva 发表于 2020-10-24 09:51
我不用lammps，细节不清楚，这类问题我都用gromacs跑

额不好意思老师我没讲清楚，我也是用的gromacs，
我看到官网上给了五个解决方式，容易实现的可能就是自己写个top文件，但是top文件和pdb文件一样都是用残基名和原子名来定义原子的，如果要只使用原子类型的话不知道有哪些途径？----------------------------------------------------------------------------------------------------
用x2top解决了，谢谢老师

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