关于集中水模型的理解？

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-11 18:24:33

水是最常用的溶剂，水模型发展到现在，已经有很多模型了。各模型都有自己的优缺点。最常用的水模型是三点和四点模型。
三点模型：
1. SPC/E比SPC产生更好的密度（density）和扩散常数（diffusion constant）结果。
2. TIP3P在计算比热（specific heats）
3. Toukan和Rahman的柔性SPC（flexible SPC）模型，能很好的描述动力学行为，是最精确的未考虑极化的三点模型，在MD中，会给出正确的密度（correct density）和介电常数（dielectric permittivity）。
四点模型：
1. TIP4P被广泛应用与生物分子体系，衍生了几种特殊用途的TIP4P模型，如与Ewald联用的TIP4P-Ew等，
2. OPC模型在amber力场中实现。
以上来自维基百科“water model”词条，如有不对请批评指正。

有朋友说预测粘度的话，tip4p/2005更好，spc/e次之，tip3p密度方面并不是好。

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想请问一下，“朋友”所述是否正确？tip4p还有什么优点？
如果想算H-bond、vdW和静电势，选用什么水模型比较好（是否与所选力场有关系）？
谢谢大家了。

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-11 19:40:21

上面很多说法都过时了

目前最佳的非可极化三点水模型是TIP3P-FB或OPC3（二者半斤八两，都达到了三点水模型的极限），看J. Chem. Phys. 145, 074501，里面有全面的对比
对于一般目的，目前最佳的四点水模型是OPC
如果你的目的就是研究水的性质，其它水模型就甭考虑了

tip4p已经完全out了，tip4p/2005虽然比tip4p改进很大，但不及OPC

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-11 19:41:41

sobereva 发表于 2018-4-11 19:40
很多说法都过时了

目前最佳的非可极化三点水模型是TIP3P-FB或OPC3（二者半斤八两，都达到了三点水模型的 ...

谢谢您，sob老师

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-4-11 23:21:18

sobereva 发表于 2018-4-11 19:40
上面很多说法都过时了

目前最佳的非可极化三点水模型是TIP3P-FB或OPC3（二者半斤八两，都达到了三点水模 ...

如果专门研究水的话，我可能会用swm4-ndp，不过衍生出来的drude力场我不太感冒

hnfn · 发表于 Post on 2018-10-27 13:11:35

fhh2626 发表于 2018-4-11 23:21
如果专门研究水的话，我可能会用swm4-ndp，不过衍生出来的drude力场我不太感冒

您好，我现在在研究纯水的一些性质，用的是opc水模型和gromacs自带的sw极化水模型，swm4相较于sw模型改进大么？

Aristotler · 发表于 Post on 2020-10-29 15:52:48

sobereva 发表于 2018-4-11 19:40
上面很多说法都过时了

目前最佳的非可极化三点水模型是TIP3P-FB或OPC3（二者半斤八两，都达到了三点水模 ...

想请问您，四点水模型在VMD显示多出的一个点能否去除，怎么去除呢？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-10-29 16:23:26

Aristotler 发表于 2020-10-29 15:52
想请问您，四点水模型在VMD显示多出的一个点能否去除，怎么去除呢？

在Graphics-Representations-Selected Atoms中输入 not name xxx； xxx是哪个点的名称。这样就可以隐藏了

Aristotler · 发表于 Post on 2020-10-29 19:17:28

Lacrimosa 发表于 2020-10-29 16:23
在Graphics-Representations-Selected Atoms中输入 not name xxx； xxx是哪个点的名称。这样就可以隐藏了

好的，感谢感谢

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