gromacs里算出来的LJ势能包含氢键的键能吗？

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-12-2 21:40:06

1.范德华力和氢键应该没有交叉项吧，为什么gromacs里可以算氢键数量，却不能算氢键的能量呢？是因为LJ能量里面包含了氢键能吗？
2.然后我想用multiwfn算氢键能，gro和pdb文件改如何转换成fch格式文件呢？我用multiwfn内部的转换指令却说转换不了。

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-2 23:05:36

1 没有交叉。一般分子力场里氢键是靠静电作用体现的，本身这也是一般强度氢键的主要本质。
统计氢键数量是根据几何关系统计的。不能说没法算氢键能量，原理上根据力场计算相互作用能的公式能算，但从实际中不好单独把分子间作用能中的氢键部分孤立出来。
色散作用在一般强度的氢键中只是起到很次要的作用

强烈建议仔细看此文正确理解氢键的本质
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

2 显然你得做量化计算得到含有波函数信息文件才行，这里写得超级详细了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）
具体怎么做看具体情况，可能需要诸如取出模拟过程中临近的一个二聚体，做优化后得到波函数文件，然后做AIM分析。或者用molclus做二聚体构型搜索得到AIM分析用的结构。

另建议看
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-12-4 10:00:06

好的，谢谢老师的回复

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