计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 12051|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助片段A质心与片段B质心之间的RDF的意义和解释

[复制链接 Copy URL]

31

帖子

0

威望

1412

eV
积分
1443

Level 4 (黑子)

各位老师,请教一个问题,模拟一个大分子在水盒子中的MD过程,考察大分子两个片段质心之间的RDF分布有什么物理意义,我得到的结果在1.3nm处,出现峰值,数值为130.该如何解释这个现象,同时我也统计了两个片段质心在MD过程中的平均质心距离为4.35nm,两者很难统一,这是为什么,还是两者本就不完全对应。谢谢各位老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2020-8-3 01:16:10 | 只看该作者 Only view this author
怎么解释只有结合具体轨迹才能判断
多数情况下大分子的质心的rdf说明不了什么问题,朝向的影响都被平均化了,然而相对朝向对相互作用的影响是极为显著的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

31

帖子

0

威望

1412

eV
积分
1443

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-3 10:12:03 | 只看该作者 Only view this author
谢谢卢老师,老师,您这里的朝向是指什么意思,是指片段基团的朝向吗,RDF因为考虑的是球形空间,因此有可能存在在某几帧,两个片段的质心距离都是差不多的,但是由于片段朝向的不同,从而RDF有很大的差别?是这意思吗

31

帖子

0

威望

1412

eV
积分
1443

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-3 10:13:35 | 只看该作者 Only view this author
如果想考察分子片段间的相互作用,直接做相互作用能分析是不是更直观一点,RDF只是一定程度上能反应相互作用的强弱,但效果不如相互作用分析明显?谢谢老师

31

帖子

0

威望

1412

eV
积分
1443

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-3 20:25:55 | 只看该作者 Only view this author
用的命令gmx make_ndx -f md.gro 然后输入 r1 24个原子   r3   25个原子
gmx distance -s md.tpr -f md.xtc -select "com of resdi 1 plus com of resid 3" -oall
算出平均质心距离,是我输入命令有问题吗

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2020-8-9 05:36:00 | 只看该作者 Only view this author
凉白开 发表于 2020-8-3 10:12
谢谢卢老师,老师,您这里的朝向是指什么意思,是指片段基团的朝向吗,RDF因为考虑的是球形空间,因此有可 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2020-8-9 05:36:31 | 只看该作者 Only view this author
凉白开 发表于 2020-8-3 10:13
如果想考察分子片段间的相互作用,直接做相互作用能分析是不是更直观一点,RDF只是一定程度上能反应相互作 ...


拿RDF分析强弱过度抽象了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

31

帖子

0

威望

1412

eV
积分
1443

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-9 10:52:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-9 05:36

拿RDF分析强弱过度抽象了

谢谢老师

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

9#
发表于 Post on 2021-11-1 16:23:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-9 05:36

拿RDF分析强弱过度抽象了

老师,我进行分子动力学模拟时有A和B两类分子各50个,其中A分子分为“1-3”三个片段,B分子分为“4-6“”三个片段,如果想计算片段1与片段6间的RDF,应该如何操作,刚开始学习,辛苦老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2021-11-2 11:09:33 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-11-1 16:23
老师,我进行分子动力学模拟时有A和B两类分子各50个,其中A分子分为“1-3”三个片段,B分子分为“4-6“” ...

设置索引文件,把片段1和片段6分别设为两个组,统计rdf的时候选这两个组
至于怎么方便地把它们设为组,如果里面的原子名不同,可以在make_ndx定义组的时候根据原子名选择原子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

11#
发表于 Post on 2021-12-10 11:03:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-9 05:36

拿RDF分析强弱过度抽象了

老师,想请问一下RDF分析时应该看第一个出现的峰还是最大的峰值?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2021-12-11 04:46:27 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-12-10 11:03
老师,想请问一下RDF分析时应该看第一个出现的峰还是最大的峰值?

不是看谁的问题,而是要理解各个峰都体现什么,根据峰的意义结合实际问题讨论
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 18:32 , Processed in 0.206855 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list