BOMD中如何使用NTraj选项

weihao

各位老师，我在BOMD进行分子动力学模拟时，使用了NTraj=N 选项，出现g09/l118.exe，想请教一下如何在一个输入文件中进行 N 个轨迹的计算？

输入文件如下：
#p b3lyp/6-311++G(d,p) bomd=(maxpoint=260,ReadVelocity,NTraj=10) nosymm

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0 1
O            
H                  1            B1
H                  2            B2    1            A1

   B1             6.01139751
   B2             0.74000000
   A1            86.47122878

0
0.0                                 0.0      0.0  
86732368269145.50        0.0      0.0      
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yflchx

读入了初始速度，这样对应一条traj。产生很多组初始结构和初始速度，就可以算很多条traj。

Ntraj的作用是在某种限制下（比如：微正则限制能量）产生Ntraj数量的随机初始条件，进而得到少于或等于Ntraj数目的traj。之所以会少于是中间有些traj会计算失败。

为了提高效率可以采用分解任务的方式来进行计算，比如设置Ntraj=1000，maxpoints=15（算几个点探探路），一个任务下来可以得到1000组初始结构和初始速度，分批算就可以了。

或者手动获取大量随机的随机数种子，默认的是398465，用iop（1/44=*******）读入，产生随机的初始条件。【G16还是不是这个iop没有确认】

sobereva

NTraj是跑N次，每次以不同随机化的初始速度来跑。你既然都手动指定了初速度了，这就没意义了。

weihao

yflchx 发表于 2020-11-3 09:59
读入了初始速度，这样对应一条traj。产生很多组初始结构和初始速度，就可以算很多条traj。

Ntraj的作用 ...

谢谢老师的解答

weihao

sobereva 发表于 2020-11-3 10:46
NTraj是跑N次，每次以不同随机化的初始速度来跑。你既然都手动指定了初速度了，这就没意义了。

谢谢老师，我懂了，我试试上面老师的方法