弱酸弱碱基团在建模中应该怎么加氢原子？

不去重蹈 · 发表于 Post on 2020-10-31 19:41:54

构建两个氨基酸（ＧＹ）组成的短肽，Ｎ端应该是－ＮＨ３还是－ＮＨ２；Ｃ端是－ＣＯＯ还是－ＣＯＯＨ，建好后的短肽带什么电荷？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-31 20:35:26

取决于你的溶剂和pH，如果是中性水溶液，一般氨基要质子化，羧基要脱质子。
不过你确定你的第二个残基的侧链没画错吗？是个酚氧自由基，还是酚氧负离子？我觉得主要的加不加氢原子的问题出现在这个侧链，NH2和COOH的问题倒没什么争议。

不去重蹈 · 发表于 Post on 2020-10-31 22:24:41

wzkchem5 发表于 2020-10-31 20:35
取决于你的溶剂和pH，如果是中性水溶液，一般氨基要质子化，羧基要脱质子。
不过你确定你的第二个残基的侧 ...

谢谢您的解答！
实际是在磷酸缓冲液中，pH在7-8之间。但是用gaussian计算时选择水作为溶剂化模型，应该是中性，不会设置pH。氨基的pK1在11附近，pH没到呀，为什么要质子化？
我要做酪氨酸上的酚羟基被氧化成苯醌结构，请问在gaussview里怎么构建酚氧自由基，还是酚氧负离子？

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-1 09:43:24

假设某氨基的pKa是11，说明pH=11的时候质子化和非质子化各占一半，显然pH=7的时候应当是质子化状态
是自由基还是负离子显然看你gjf文件里的电荷和自旋多重度设定，跟结构构建没关系

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-1 11:07:44

不去重蹈发表于 2020-10-31 22:24
谢谢您的解答！
实际是在磷酸缓冲液中，pH在7-8之间。但是用gaussian计算时选择水作为溶剂化模型，应该 ...

那个准确地说是-NH3+的pKa是11附近，而不是-NH2的pKa是11附近，所以-NH3+在中性溶液里不应该脱质子，也就是-NH2应该加质子的意思。等于我们在讨论氨基的时候，看的是共轭酸的pKa，讨论羧基的时候讨论的是羧基自己的pKa，而且一个是在讨论质子化，一个是在讨论脱质子，所以结论是反的，氨基不到pKa应该质子化，羧基到了pKa应该脱质子。
另外，酪氨酸的羟基在对位，如果你说的氧化成醌是氧化成邻苯醌，那么对位的氧也应该在，也就是对位一个氧，间位一个氧，不能说对位的氧拿掉，只有间位的氧。仔细把你要算的结构的共振式画出来，确保结构画的是对的，按照共振式设定电荷和自旋多重度，就行了

不去重蹈 · 发表于 Post on 2020-11-2 10:39:24

sobereva 发表于 2020-11-1 09:43
假设某氨基的pKa是11，说明pH=11的时候质子化和非质子化各占一半，显然pH=7的时候应当是质子化状态
是自由 ...

谢谢老师的解答！

不去重蹈 · 发表于 Post on 2020-11-2 11:09:43

wzkchem5 发表于 2020-11-1 11:07
那个准确地说是-NH3+的pKa是11附近，而不是-NH2的pKa是11附近，所以-NH3+在中性溶液里不应该脱质子，也就 ...

谢谢您的解答！
关于质子化和脱质子化已经明白了。
是的，酪氨酸的羟基在对位，图片上的我画错了。

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[建模与可视化] 弱酸弱碱基团在建模中应该怎么加氢原子？

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