Gaussian优化的分子用于Material studio中跑动力学的问题？

sobsobsob · 发表于 Post on 2020-11-2 11:40:05

老师们好，我在高斯中优化了一个分子，优化的时候去掉了geom=connectivity,导致我优化完毕的分子如图一所示。它的键有的断了有的改变了，我现在想把这个分子放到MS中NVT跑动力学模拟，算其在金属表面的吸附能，遇到了以下几个问题。一、我是否应该将缺失的以及改变了的键给该回去？二、图中O-Mo-O失连了，以及H-N断了如若不改键在MS中运行影响大吗？三、不改键的分子和直接在MS中建一个完整的分子跑起来有区别吗？希望老师们能解答，谢谢。

sobsobsob · 发表于 Post on 2020-11-2 11:58:42

不改的话AC建盒子的时候全都乱了，上次问的时候建议不改，我现在好懵，个人认为是需要改回去的

ABetaCarw · 发表于 Post on 2020-11-2 12:21:53

谈谈原子间是否成键的判断问题 http://sobereva.com/414 私以为读了本文的第0节和第一节能够解决你的困惑

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-2 12:43:19

设不设键连关系完全不影响量化计算结果，如果你之后在M$里基于分子力场跑动力学，肯定是要保证M$界面里看到的连接关系是满足期望的（不符就自己改连接关系），否则结果完全没法用

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[Material Studio] Gaussian优化的分子用于Material studio中跑动力学的问题？

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