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[GROMACS] 求助 蛋白质和小分子动力学模拟

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想麻烦问一下大家怎么用Gromacs做分子动力学模拟呢?我之前尝试用autodock先把小分子和蛋白质对接后在跑gmx,但是residue database不识别我的小分子。而我如果先分别生成小分子和蛋白质的topol文件,分析后发现两者并不是结合在一起在溶液中跑的~而如果直接把对接后的结果拿到PRODRG类似的服务器处理,则是要么失败要么成功后,输出的文件把小分子打散了并分别插入到蛋白的各个位点上,但即便这样,还是有residue不会被识别。所以想麻烦问一下各位老师~谢谢!

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发表于 Post on 2020-11-5 23:45:37 | 只看该作者 Only view this author
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-11-5 23:47:52 | 只看该作者 Only view this author
这个问题很大!最近正在跑蛋白质和小分子。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-6 12:51:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-5 23:45
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266(http://bbs.keinsci.com/thread-428-1- ...

好的,谢谢社长,另外还想麻烦问一下如果做小分子和蛋白的话要先对接吗?如果要的话怎么通过命令行分离小分子和蛋白质?谢谢社长~

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发表于 Post on 2020-11-6 13:00:42 | 只看该作者 Only view this author
BabysBreath 发表于 2020-11-6 12:51
好的,谢谢社长,另外还想麻烦问一下如果做小分子和蛋白的话要先对接吗?如果要的话怎么通过命令行分离小 ...

如果晶体结构已经是蛋白和配体的复合物就不用对接了,否则就要对接。分离蛋白和配体直接用文本打开pdb文件当成文本处理(复制粘贴等),也可以在linux下对文本搜索(比如grep等),还可以用chimera软件处理。

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发表于 Post on 2020-11-8 19:22:59 | 只看该作者 Only view this author
BabysBreath 发表于 2020-11-6 12:51
好的,谢谢社长,另外还想麻烦问一下如果做小分子和蛋白的话要先对接吗?如果要的话怎么通过命令行分离小 ...

命令行分离的话可以把pdb里的ATOM和HETATM开头的两种行分别存到两个文件里,分别对应生物大分子和其它类型分子中的原子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-9 12:29:08 | 只看该作者 Only view this author
好哒,谢谢

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