求助: 扩散系数和文献有差异

北京的大猫

各位前辈及sob老师好:

      我的体系是离子液体，在用Gromacs msd 计算阴离子的扩散系数时，在400K-600K时计算得到的几个扩散系数和文献非常接近，但是在400K以下得到的扩散系数比文献上高1-2个数量级，我的模拟过程是平衡相在对应的温度下NPT平衡20ns,然后产生相在NPT平衡50ns（v-rescale热浴+PR压浴）,得到的密度，能量-时间曲线是稳定的。为了确保不是精度的问题，我采用双精度计算了10ns的产生相，得到的系数和单精度下相符，但仍然和文献上有数量级上的差异，想请问一下大家这中情况该怎么办呢？

      谢谢各位老师！

k64_cc

这里的“文献”是实验结果还是模拟结果？你跑MSD用的轨迹是NVT下的还是NPT下的？你的模拟体系在这个温度跨度下有没有相变？
跑MSD建议在NPT平衡之后再换回NVT做，NPT会放缩盒子，影响自相关函数。不过按理说也不应该差这么多

北京的大猫

k64_cc 发表于 2020-9-15 11:38
这里的“文献”是实验结果还是模拟结果？你跑MSD用的轨迹是NVT下的还是NPT下的？你的模拟体系在这个温度跨 ...

是与一篇文献的模拟结果对比的,为了和文献保持一致,力场参数来自于该文献,并且全部都在NPT下模拟,在当前的模拟温度下没有相变,和文献的模拟结果300K相差很大.有几个问题想请教:
1.使用gmx计算的时候,是选取msd-t图中比较光滑平直的部分对吧?但是这样的话,如何保证是在扩散区?
2.从其他文献上来看,室温下的离子液体的扩散系数比水的小两个数量级,我的是满足的.但是和对比的文献不同,这该怎么办呢?

sobereva

北京的大猫 发表于 2020-9-15 14:37
是与一篇文献的模拟结果对比的,为了和文献保持一致,力场参数来自于该文献,并且全部都在NPT下模拟,在当前 ...

1 是。扩散行为本身就是一直不断进行的，没听说过扩散区的说法
2 没细节不好说，再看看其它模拟文章里的数据什么样。也看看模拟的其它属性和文献里报道的是否相符。

bobosiji

北京的大猫 发表于 2020-9-15 14:37
是与一篇文献的模拟结果对比的,为了和文献保持一致,力场参数来自于该文献,并且全部都在NPT下模拟,在当前 ...

其他模拟细节也和文献一致么？尤其是“v-rescale热浴”能准确模拟扩散么，换成nose-hover更好？

北京的大猫

sobereva 发表于 2020-9-15 15:13
1 是。扩散行为本身就是一直不断进行的，没听说过扩散区的说法
2 没细节不好说，再看看其它模拟文章里的 ...

好的,谢谢sob老师.

北京的大猫

bobosiji 发表于 2020-9-15 21:49
其他模拟细节也和文献一致么？尤其是“v-rescale热浴”能准确模拟扩散么，换成nose-hover更好？

嗯?不是说v-resclae热浴比nose-hoover热浴更好吗?N-H热浴还有非遍历性的缺陷.我记得sob老师的讲义上是这么说的.我对比的文献里也没说用的啥热浴.
谢谢您!

bobosiji

北京的大猫 发表于 2020-9-16 09:02
嗯?不是说v-resclae热浴比nose-hoover热浴更好吗?N-H热浴还有非遍历性的缺陷.我记得sob老师的讲义上是这 ...

模拟动态性质，v-resclae应该能用，但nose-hoover更好

北京的大猫

bobosiji 发表于 2020-9-16 09:34
模拟动态性质，v-resclae应该能用，但nose-hoover更好

谢谢您

Kangtor

北京的大猫 发表于 2020-9-15 14:37
是与一篇文献的模拟结果对比的,为了和文献保持一致,力场参数来自于该文献,并且全部都在NPT下模拟,在当前 ...

MSD与时间t成正比的区域就是扩散区

北京的大猫

Kangtor 发表于 2020-11-6 12:12
MSD与时间t成正比的区域就是扩散区

对于我的体系来说，并不是。