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[GROMACS] 如何对bulk水加剪切力?

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把bulk水分成几等分,在边缘处的两层分别加上方向相反的力,如何实现?

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发表于 Post on 2020-11-5 23:03:22 | 只看该作者 Only view this author
一个做法是设置加外力的组,但是里面的原子序号是固定的,而实际模拟过程中水会扩散
还一个做法是考虑在体系中设置石墨烯板,给板用pull,使之推动水运动
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-10 16:44:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-5 23:03
一个做法是设置加外力的组,但是里面的原子序号是固定的,而实际模拟过程中水会扩散
还一个做法是考虑在体 ...

感谢sob老师!
请问老师石墨烯板的top文件从哪里获取?

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发表于 Post on 2020-11-11 00:31:40 | 只看该作者 Only view this author
Barry624 发表于 2020-11-10 16:44
感谢sob老师!
请问老师石墨烯板的top文件从哪里获取?

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