求助关于RDF的程序理解问题。

少年爱吃地三鲜

各位老师好，最近想编写一个RDF的程序， 关于RDF我的理解就是，区域密度/全局密度（比值），如图，这个dr 是不是每次计算的增量。如果是 这个dr应该如何选择？另外，正方体盒子。有多少个球层是不是可以理解为 边长/dr。还是说 我可以先求出定义中心原子与每一个原子的距离然后进行分类再求rdf。针对该问题有些混淆。麻烦各位老师教导！PS： http://isaacs.sourceforge.net/phys/rdfs.html#gr-fig

少年爱吃地三鲜

就告诉我这个dr怎么定义就行。这个增量应该怎么选择呢

liuyuje714

dr自己设定，比如gmx默认用的0.002 nm。其实我觉得楼主如果考虑自己写程序，单单看公式不一定能明白其含义，我建议你多看看一些成熟的动力学相关源代码，比如gromacs，又或者是mdanalysis等。

少年爱吃地三鲜

liuyuje714 发表于 2020-11-15 23:13
dr自己设定，比如gmx默认用的0.002 nm。其实我觉得楼主如果考虑自己写程序，单单看公式不一定能明白其含义 ...

好的，感谢您的建议! 请问gromacs的源代码在哪里能看呢？MDAnalysis的我能找到 gromacs的手册里有吗？谢谢您

liuyuje714

少年爱吃地三鲜 发表于 2020-11-16 08:05
好的，感谢您的建议! 请问gromacs的源代码在哪里能看呢？MDAnalysis的我能找到 gromacs的手册里有吗？谢 ...

github上都有相关的源，直接就可以找到。看手册那是给用软件的人，而你写程序，当然必须看源代码，gromacs的c/c++文件，mdanalysis的python源文件

少年爱吃地三鲜

liuyuje714 发表于 2020-11-16 09:18
github上都有相关的源，直接就可以找到。看手册那是给用软件的人，而你写程序，当然必须看源代码，gromac ...

感谢您！ 我去看看！

Graphite

可以算每个原子对距离的同时进行计数。
我写的RDF代码（python）的其中一段，self.pcf是个字典，键是距离r（1 dr ～ 10.0，间隔为dr），值是距离落在r ～r+dr的原子对的计数。

        if periodic:
            p_vectors = list()
            for xmulti in (0, -1, 1):
                for ymulti in (0, -1, 1):
                    for zmulti in (0, -1, 1):
                        p_vector = np.array([xmulti * self.xlength, ymulti * self.ylength, zmulti * self.zlength])
                        p_vectors.append(p_vector)

            for ref in self.atomtypedict[str(refatomtype)]:
                for target in self.atomtypedict[str(targetatomtype)]:
                    r_ref = np.array(self.atomdict[ref][3:6])
                    r_target = np.array(self.atomdict[target][3:6])

                    for p_vector in p_vectors:
                        dist = np.linalg.norm(r_ref - r_target - p_vector)

                        for r in self.pcf.keys():
                            if dist > r and dist < r + dr:
                                self.pcf[r] += 1

少年爱吃地三鲜

Graphite 发表于 2020-11-16 11:45
可以算每个原子对距离的同时进行计数。
我写的RDF代码（python）的其中一段，self.pcf是个字典，键是距离r ...

感谢您的帮助!