计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 12920|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 能量最小化时核心已转储问题

[复制链接 Copy URL]

24

帖子

0

威望

191

eV
积分
215

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
我在一个10×10×40的盒子,里面有12万多个分子,然后在能量最小化的时候,电脑无法运行下去了,出现了Segmentation fault (core dumped),该如何解决,求大神指导!感激不尽!


6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2017-12-20 16:16:09 | 只看该作者 Only view this author
可能性很多,就跟电脑死机一样。
一般情况无外乎就是初始结构不好,或者参数不合理,或者mdp写得有致命缺陷。也有个别情况可能是程序编译有问题(但其它任务都跑得正常的话就不太可能是这个原因)。
一般解决思路就是反复检查,怎么检查都没问题,那就只能不断简化体系,诸如混合体系先跑个纯物质的情况看看。或者也可以用双精度gmx版本跑一下试试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

39

帖子

0

威望

113

eV
积分
152

Level 3 能力者

3#
发表于 Post on 2020-11-17 09:46:48 | 只看该作者 Only view this author
兄弟,你这个问题是怎么解决的?

1万

帖子

0

威望

9870

eV
积分
22111

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2020-11-17 13:21:27 | 只看该作者 Only view this author
计算小菜鸡 发表于 2020-11-17 09:46
兄弟,你这个问题是怎么解决的?

Segmentation fault (core dumped)的触发条件多如牛毛,等价于windows下的“xxx程序已停止运行”对话框
所以他的解决方案对你奏效的概率很低。。。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 21:17 , Processed in 0.151053 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list