求助：配体和蛋白进行分子动力学模拟一定时间后分开

chensy · 发表于 Post on 2020-11-19 08:30:57

请问当配体-蛋白复合物体系进行分子动力学模拟，在进行一定时长后，发现配体跑飞（即配体远离蛋白）。遇到这种情况，我如果重新在跑飞的前一帧重新续跑，是否能避免这种问题的发生？

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-11-19 09:17:03

一般不能，通常这种情况都是建模的原因，比如质子化态不对，或者初始结构不好

chensy · 发表于 Post on 2020-11-19 09:38:57

fhh2626 发表于 2020-11-19 09:17
一般不能，通常这种情况都是建模的原因，比如质子化态不对，或者初始结构不好

谢谢那是不是不管怎么样就是不能避免此类问题的发生，是吗？就是说如果重新续跑完，有可能配体还在蛋白的结合位点上，也有可能配体还会离开蛋白。

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-19 13:54:57

拿跑飞的前一帧重新续跑显然没意义，生米都已经煮成熟饭了。
正确做法是反复从头开始跑，最好每次用不同的初速度，这样才能对结合的动力学稳定性得到统计信息
当前，这么做有意义的前提是模拟的各方面情况，包括结构、力场、模拟设置等都是合理的。

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-11-19 14:53:27

chensy 发表于 2020-11-19 09:38
谢谢那是不是不管怎么样就是不能避免此类问题的发生，是吗？就是说如果重新续跑完，有可能配体还在蛋白 ...

如果实验上结合能力不弱，你的建模也正确的话，就不会跑开，何来“避免”一说

308866814 · 发表于 Post on 2020-11-19 16:52:14

你可以先计算下binding free energy,看是不是正值，如果是的话，说明从能量的角度看，配体和蛋白的结合是不牢固的（亲和力不强）。

chensy · 发表于 Post on 2020-11-20 08:37:41

308866814 发表于 2020-11-19 16:52
你可以先计算下binding free energy,看是不是正值，如果是的话，说明从能量的角度看，配体和蛋白的结合是不 ...

好的谢谢我计算了聚类分析的结合自由能发现是负值

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[综合交流] 求助：配体和蛋白进行分子动力学模拟一定时间后分开