用colvars的eabf计算气体通过纳米孔的PMF

guchen

各位老师，您们好！我想请教老师们一个问题，我用colvars的eabf计算气体通过纳米孔的PMF，计算结果不太好。总会有一段反应坐标（我选取的系统在z方向的偿付）保持在一个常数不变；再一个如何选取目标气体呢，体系中有很多相同的气体，这个研究对象是随便选取的吗？以下是我写的colvars.in及自己计算的结果，也不知道是否正确，我是第一次计算PMF，是个新手，希望各位老师能给出宝贵的建议

fhh2626

你那一段采不到样吧，distance怎么可能为负值

一般来说自由能计算的体系你留一个分子就行了，你要算的是一个分子通过纳米管的自由能变化