Gromacs是否可被用来计算大体系氢键形成有关的红外光谱变化？

lao7 · 发表于 Post on 2020-11-20 10:31:59

如题。计算一个5000多个蛋白质原子（不包含水分子）与有机物弱相互作用的红外光谱振动情况。由于是非共价键，比较弱，能否基于Gromacs分析成键前后分子振动情况，以表征非共价键的形成与否？谢谢！
ps: 显然，量化计算肯定更加准确，但是这么大的体系量化计算，即使仅仅算频率振动都算不动。如果上述Gromacs方法不行，量化计算可有适合的计算方法可供选择？谢谢诸位老师。

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-21 04:52:43

我不知道具体是在什么位置、与多少有机物形成氢键复合物。如果是一个大蛋白只在局部某个位置与一个分子形成氢键，想基于分子力场获得红外光谱来对比影响，我看没什么希望，不仅精度很低，而且其它部分的干扰太大了。如果抠出一个局部来通过量化计算，这我看还行得通。

lao7 · 发表于 Post on 2020-11-21 21:23:15

本帖最后由 lao7 于 2020-11-21 21:26 编辑

sobereva 发表于 2020-11-21 04:52
我不知道具体是在什么位置、与多少有机物形成氢键复合物。如果是一个大蛋白只在局部某个位置与一个分子形成 ...

想看看大约10000个原子体系的平均振动情况。研究的是天然体系，想和实验测得的光谱作比较！
这10000原子分为蛋白和小分子部分，主要想看看两个组分间结合前后关键官能团区域振动变化情况。
ps：如果仅仅选取成键的部分绘制光谱，其实和实验测得光谱还是有很大差距的。

k64_cc · 发表于 Post on 2020-11-24 18:53:58

光谱可以算，但是和实验能不能对得上就是另外的故事了。运气好的话你可能可以分辨出某个特征峰分别在计算/实验得到的光谱上的位置，然后改变环境看红移或者蓝移。

拿MD轨迹算红外光谱不靠Hessian，得这么干：

https://jerkwin.github.io/2017/0 ... %E5%85%89%E8%B0%B1/

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