想分析二聚体和溶剂水分子之间的弱相互作用如何建模呢？

qyl · 发表于 Post on 2024-3-31 17:30:07

优化出二聚体最佳构型，想分析与溶剂水分子的之间的弱相互作用，下图为参考文献的构型模型以及模拟细节

qyl · 发表于 Post on 2024-3-31 17:31:48

直接用gv添加六个水分子用Gaussian优化计算吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-31 17:56:46

qyl 发表于 2024-3-31 17:31
直接用gv添加六个水分子用Gaussian优化计算吗？

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

如果只有少数水分子会与感兴趣的二聚体相互作用，适合用genmer+molclus做构型搜索
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

如果是完全浸在水里，想把第一配位层的水考虑完整，按下文处理
构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法
http://sobereva.com/406（http://bbs.keinsci.com/thread-9147-1-1.html）
或者跑分子动力学，然后用VMD从轨迹中提取溶质+第一配位层溶剂的簇模型，然后优化

如果要用Multiwfn以aIGM、aNCI方式考察溶质-溶剂相互作用，则必须跑分子动力学，参考下文
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186

“直接用gv添加六个水分子用Gaussian优化计算吗？” 显然不行，这么简单粗暴计算要是能行的话特意用molclus做构型搜索还有什么意义

不要光说“弱相互作用”，要说具体以什么方式考察弱相互作用

qyl · 发表于 Post on 2024-3-31 19:36:11

sobereva 发表于 2024-3-31 17:56
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

下次改正，参考文献里的构型搜索为什么会选择六个水分子呢？应该是完全浸没在水中，考虑第一配位层的水的个数吧？

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-31 22:05:18

qyl 发表于 2024-3-31 19:36
下次改正，参考文献里的构型搜索为什么会选择六个水分子呢？应该是完全浸没在水中，考虑第一配位层的水的 ...

文中如果没明确交代，原理上又说不通，那就别去参考。要么本来就不合理，要么作者有特殊考虑但文章没交代清楚

ChemG · 发表于 Post on 2024-4-1 01:07:31

这个计算方法有点乱，结构优化加弥散、使用D3而且在298.25K，优化的时候还能考虑温度？这是热力学干的事儿，跟电子能不相干。但是做单点的时候又不加弥散，范德华校正又换成了D3(BJ)？
从实验方法写的就能看出来不靠谱，你再去参考错误的方法，那就是错上加错了。
最好的方式就是按照sob老师讲的跑分子动力学，无论是用cp2k跑AIMD，或者用gromacs跑MD，最终提取出第一配位层结构，都要比漏洞百出的文献靠谱的多。

qyl · 发表于 Post on 2024-4-2 15:31:45

ChemG 发表于 2024-4-1 01:07
这个计算方法有点乱，结构优化加弥散、使用D3而且在298.25K，优化的时候还能考虑温度？这是热力学干的事儿 ...

好的，多谢

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