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[GROMACS] 求助:GROMACS运行grompp时出现Atomtype c3 not found,不知怎么解决

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97V.itp (49.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 28) topol.top (1.31 MB, 下载次数 Times of downloads: 74)

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发表于 Post on 2020-11-28 07:12:46 | 只看该作者 Only view this author
显然[ atomtypes ]字段得在#include "97V.itp"之前引入。

诸如top这种文本文件,超过500KB的以后压缩后再上传,首页公告栏提示了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-28 11:34:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 someone66 于 2020-11-28 19:58 编辑
sobereva 发表于 2020-11-28 07:12
显然[ atomtypes ]字段得在#include "97V.itp"之前引入。

诸如top这种文本文件,超过500KB的以后压缩后 ...

好的,谢谢老师,下次一定注意。

我修改之后运行还是会出现如下错误命令
ERROR  179 [file 97V.itp, line 341]:
NO default LJ-14 types
ERROR  180 [file 97V.itp, line 342]:
NO default LJ-14 types

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发表于 Post on 2020-11-28 19:24:12 | 只看该作者 Only view this author
小分子itp你用的acpype,即对应的是amber/gaff力场,而你的蛋白直接用的gromos力场,这两者怎么能混合在一起用?必须统一采用相同的力场。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-28 19:56:08 | 只看该作者 Only view this author
liuyuje714 发表于 2020-11-28 19:24
小分子itp你用的acpype,即对应的是amber/gaff力场,而你的蛋白直接用的gromos力场,这两者怎么能混合在一 ...

哦,明白了,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-28 19:57:49 | 只看该作者 Only view this author
liuyuje714 发表于 2020-11-28 19:24
小分子itp你用的acpype,即对应的是amber/gaff力场,而你的蛋白直接用的gromos力场,这两者怎么能混合在一 ...

哦,明白了,谢谢

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