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[Molclus] 低共熔溶剂构型优化可以先用molclus做构象搜索而不做势能面扫描吗

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低共熔体系:咪唑+季鏻盐   需要优化低共熔体系的结构,但实验室电脑实在太LJ,想用genmer+molclus做一个构象搜索,可能只能用Gaussian在PM6级别做然后参考一些文献选一些结构再进行优化。这样可行吗?因为体系有点大担心做势能面可能不现实

谢谢大家了!


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发表于 Post on 2019-3-8 05:25:00 | 只看该作者 Only view this author
完全可行。本来就没有任何必要做势能面扫描,哪怕计算能力很富裕,对当前问题做扫描也纯属浪费计算资源。
如果你用的G09 D.01及之后的版本,强烈建议改用PM6-D3(关键词写PM6D3),比PM6计算弱相互作用体系大有改进
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-8 11:27:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-8 05:25
完全可行。本来就没有任何必要做势能面扫描,哪怕计算能力很富裕,对当前问题做扫描也纯属浪费计算资源。
...

明白了,谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-8 23:05:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-8 05:25
完全可行。本来就没有任何必要做势能面扫描,哪怕计算能力很富裕,对当前问题做扫描也纯属浪费计算资源。
...

老师,还想问一下,我生成500个初始结构,然后用PM6收敛了80个左右,因为体系有点大就没有额外写模板了,然后根据这80个结构对比能量同时参考文献选择用于DFT的初始结构进一步优化,这个方法写进论文里会不会被怼啊,有点担心审稿人质疑建立的初始模型不够,看论文里有写10000的
打扰老师了!

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发表于 Post on 2019-3-9 03:14:36 | 只看该作者 Only view this author
Austim 发表于 2019-3-8 23:05
老师,还想问一下,我生成500个初始结构,然后用PM6收敛了80个左右,因为体系有点大就没有额外写模板了, ...

不会被怼
这么点的体系尝试10000个初猜纯粹是浪费时间
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发表于 Post on 2020-11-28 09:14:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-8 05:25
完全可行。本来就没有任何必要做势能面扫描,哪怕计算能力很富裕,对当前问题做扫描也纯属浪费计算资源。
...

Sob老师,你好。我也是做低共熔溶剂的结构优化,组成是有机酸(比如对香豆酸或其他含苯环的有机酸和氯化胆碱),使用的PM6D3进行初始结构优化,但是得到的初始结构中有很多含有不合理结构的结果(比如,羧基变成了两个CO 双键, OH 键断裂), Sob老师,还有没有什么其他便宜又好用的基组推介? 谢谢~

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发表于 Post on 2020-11-28 10:53:03 | 只看该作者 Only view this author
aimoly 发表于 2020-11-28 09:14
Sob老师,你好。我也是做低共熔溶剂的结构优化,组成是有机酸(比如对香豆酸或其他含苯环的有机酸和氯化 ...

这是正常的,不属于不合理的结构。仔细看http://sobereva.com/414
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2020-11-28 16:32:25 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-28 10:53
这是正常的,不属于不合理的结构。仔细看http://sobereva.com/414

感谢您的回复,我得到的初始结构,羧基中的碳与两个O原子分别形成了CO双键,OH键断裂,所以我可以利用Sob老师文中的方法: 用Multiwfn计算Mayer键级,再根据结果判定是否成键及键的类型(单键或者双键)。根据计算结果对结构进行手动修改? 谢谢

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发表于 Post on 2020-11-28 16:40:56 | 只看该作者 Only view this author
aimoly 发表于 2020-11-28 16:32
感谢您的回复,我得到的初始结构,羧基中的碳与两个O原子分别形成了CO双键,OH键断裂,所以我可以利用Sob ...

可以,不过如果你只是初步优化,接下来要用更精确的方法优化的话,原子坐标定性正确就行了,不需要分析初步优化的结构的键级。所谓原子坐标定性正确,就是比如虽然O-H键断裂了,但是O原子和H原子的距离不比正常的O-H键长太多
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-11-28 19:38:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-28 16:40
可以,不过如果你只是初步优化,接下来要用更精确的方法优化的话,原子坐标定性正确就行了,不需要分析初 ...

好的,明白了,也就是可以凭感觉和键长,重新建立初始结构。谢谢~

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