求助：g_mmpbsa和gromacs版本不匹配怎么办

lyjc19961209 · 发表于 Post on 2021-5-29 15:14:36

gromacs版本：2020.6g_mmpbsa是下载的对应gromacs-5.1.x的预编译可执行程序
然后分解能量使用g_mmpbsa -f md_0_100.xtc -s md_0_100.tpr -n index.ndx -mme -mm energy_MM.xvg -decomp -mmcon contrib_MM.dat
就出现了reading tpx file (md_0_100.tpr) version 199 with version 103 program的报错。

请问：
1，这个原因是因为版本不对应吗，有什么解决方法吗？
2、g_mmpbsa 里的这个APBS是什么含义？是因为我没有安装这个吗？

感谢各位

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-30 01:13:22

老版本gmx没法处理新版本的tpr文件。可以用老版本gmx的grompp重新生成tpr

APBS是求解PB方程的第三方程序，g_mmpbsa靠APBS才能求解PB部分

lyjc19961209 · 发表于 Post on 2021-5-30 19:15:12

谢谢sob老师，这真是个挺好的办法，我重新试一试

芮啦 · 发表于 Post on 2021-6-4 10:23:00

lyjc19961209 发表于 2021-5-30 19:15
谢谢sob老师，这真是个挺好的办法，我重新试一试

请问您现在开始用g_mmpbsa计算了吗，我现在也刚开始学习使用g_mmpbsa来计算结合能，有一点问题希望向您请教一下，请问您的mdp参数文件是采用官网上的参数还是依照自己的体系设定的呢，我的体系中不止有一种阳离子，所以在设定mdp文件中的pcharge、prad等参数时不知道怎么处理，希望向您请教一下，还请您指点一二

lyjc19961209 · 发表于 Post on 2021-6-5 16:14:37

芮啦发表于 2021-6-4 10:23
请问您现在开始用g_mmpbsa计算了吗，我现在也刚开始学习使用g_mmpbsa来计算结合能，有一点问题希望向您请 ...

不好意思，因为没有解决老版本gromacs的问题，所以现在改用gmx_MMPBSA进行计算了

芮啦 · 发表于 Post on 2021-6-5 19:07:31

lyjc19961209 发表于 2021-6-5 16:14
不好意思，因为没有解决老版本gromacs的问题，所以现在改用gmx_MMPBSA进行计算了

好的，谢谢您的回复

Zhaoyang · 发表于 Post on 2021-6-26 02:30:13

啊，我算PB部分的时候会出现Segmentation fault报错，请问有知道怎么解决的吗

Ryanchen · 发表于 Post on 2021-8-31 09:23:32

lyjc19961209 发表于 2021-6-5 16:14
不好意思，因为没有解决老版本gromacs的问题，所以现在改用gmx_MMPBSA进行计算了

老师你好，请问你用gmx_mmpbsa进行计算时。会出现APBS NOT avaliable这种情况吗？我下载好了APBS3.0，也设置了环境变量，修改了bah文件里面的路径但还是会出错。请问您是怎么做的呢，可以正常运行吗？

蓝沐轩_lemshine · 发表于 Post on 2021-9-4 15:05:19

Ryanchen 发表于 2021-8-31 09:23
老师你好，请问你用gmx_mmpbsa进行计算时。会出现APBS NOT avaliable这种情况吗？我下载好了APBS3.0，也 ...

用电脑仓库自带的apbs就好了 yum install 或者apt install

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